А что означает это словосочетание?  Если это название произведения, правильно: «Дневник друга» – с большой буквы в кавычках пишется первое слово в названии литературных произведений, документов и т. д. Если это обычное словосочетание, правильно: дневник друга.

Союз вместе с тем не требует выделения знаками препинания. Союзные сочетания а вместе с тем, но вместе с тем, как правило, соединяют простые предложения в составе сложного и перед ними ставится запятая или другой знак препинания.

Вариант ремонт поверхности крыши возможен, если требуется подчеркнуть, что ремонтируется не вся крыша (стропила, фермы и т. п.), а только поверхностное покрытие. В этом смысле также можно сказать: ремонт кровли. 

В остальных случаях уместно: ремонт крыши.

Вы имеете в виду написание о? Здесь о под ударением, никакую другую букву мы и не можем написать. Правило, гласящее, что в этом корне с чередованием перед щ всегда а, регулирует написание на месте безударного гласного.

Здесь Т - не терапия, а томография. При использовании аббревиатуры без родового слова согласование в женском роде корректно. При использовании родового слова требуется согласование по родовому слову: методика МРТ показала, исследование МРТ показало, метод МРТ показал...

Это разные случаи. Во втором (Для получения...) запятая не ставится.

А вот обороты с предлогом в связи с могут обособляться в зависимости от разных факторов (например, если оборот выделяется интонационно). Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

Если вторая часть бессоюзного предложения поясняет то, о чем говорится в первой части (в таких случаях возможна подстановка слов а именно), между частями ставится двоеточие. Таким образом, перед это следует поставить двоеточие.

В остальном пунктуация верна.

Нам ближе точка зрения Тихонова. Но если разбор нужен для выполнения школьного задания, то можно пользоваться любым источником, главное указать, по какому именно словарю сделан разбор. Остальное – не на совести ученика, а на совести составителей словаря.