Это конструкция, эквивалентная сложноподчиненному предложению без соотносительного слова. В таких конструкциях, как указано в пункте 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, запятая может не ставиться «при отсутствии интонационного отделения». Сравним: Надо играть на гитаре так, как учит Юрий — в этом случае, при наличии соотносительного слова, запятая ставится обязательно.
Верен первый вариант.
Пунктуация зависит от контекста. В разных случаях перед именем может стоять тире, двоеточие или не стоять никаких знаков препинания.
Кавычки нужны, название организационно-правовой формы пишется с маленькой буквы. Вы написали верно: автономная некоммерческая организация "Международная академия", АНО "МА".
При однородных членах предложения, кроме одиночных или повторяющихся союзов, могут употребляться двойные (сопоставительные) союзы, которые членятся на две части, располагающиеся каждая при каждом члене предложения: как... так и, не только... но и, не столько... сколько, насколько... настолько, хотя и... но, если не... то, не то что... но, не то чтобы... а, не только не.,, а, скорее... чем и др. Запятая всегда ставится перед второй частью таких союзов. Верно: Народ если и рассматривает данный вариант, то считает его безумием.
