Действительно, между этими двумя рекомендациями есть некоторое противоречие. Однако обратим внимание, что во второй группе примеров все дефисные конструкции стоят на втором месте, т. е. выполняют функцию определения. В первой группе примеры различаются: студент-медик — альпинист имеет обратный порядок компонентов, а оставшиеся два — такой, как в предыдущей группе. Это может иметь значение, поскольку альпинист здесь является приложением к конструкции с приложением (медик), а это требует паузы при произнесении и постановки знака тире. В остальных случаях, на наш взгляд, тире можно не ставить.

Добавим, что за разъяснениями приведенного Вами правописного решения Вы можете обратиться непосредственно к авторам «Русского правописания с комментариями» (их электронные адреса есть на сайте Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН в разделе «Сотрудники») и всё узнать, так сказать, из первых рук.

Правило передачи иноязычных слов состоит в наиболее близком звуковом соответствии языку-источнику, поэтому из предложенных Вами вариантов больше всего подходит референс-лист (the reference list). При этом сложные слова в русском языке не пишутся с пробелом, поэтому следует использовать дефис.

Написание такого сокращения в два отдельных слова с первой частью перу действительно не кажется корректным, но говорить о нормативном написании рано, поскольку слова пока нет словарях.

В настоящее время кодифицировано слитное написание: фудкорт. О причинах изменения нормы см. в комментарии О. Е. Ивановой «От фуд-корта к фудкорту».

Верно со строчной: театр (жанр) но, театр (жанр) кабуки.

Верно со строчной: кремлевские куранты.

В конструкциях с повторами такого типа требуется запятая: Не мог, не мог, успокойся.

Кодифицировано написание через дефис: мейн-кун.

Написание каждого слова названия с большой буквы точно будет ошибкой: в названиях организаций с большой буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные. При этом названия учреждений, учебных заведений и т. п., а также отделов и частей учреждений и организаций, не являющиеся собственными именами, пишутся со строчной буквы, например: отдел кадров, кафедра иностранных языков и др.

Таким образом, выбор должен делаться из орфографически верных вариантов Кружок юных биологов Московского зоопарка (такое написание подчеркнет определенную самостоятельность организации) и кружок юных биологов Московского зоопарка (если кружок мыслится как часть Московского зоопарка). Второй вариант представляется более оправданным.

Склонение мужской фамилии Лещенок обязательно. При этом фамилию можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Лещенка, Лещенку и т. д.) и с сохранением гласного (Лещенока, Лещеноку и т. д.). Решение о типе склонения принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант (с сохранением гласного).