Запятая не ставится согласно следующему правилу: запятая не ставится внутри выражений типа есть чем заняться, есть над чем поработать, состоящих из глагола быть, вопросительно-относительного местоимения или наречия и неопределенной формы другого глагола.
Обособление приложения главного бухгалтера А.А. Петрова придаст ему характер попутного замечания: важно, что это был ключ работника компании, а что это за работник — информация второстепенная. Если важно именование конкретного работника, приложение выделять не нужно. Правда, в этом случае возникнет двусмысленность: фрагмент можно прочитать и как работника компании (чьей?) главного бухгалтера А.А. Петрова; возможно, потребуется перестроить предложение.
Правильно: под подпись или под расписку.
Правильно: в отсутствие главного врача.
Запятые не нужны.
Нет, такое сочетание некорректно. Возможен вариант: работник, ранее занимавший эту должность.
Если руководитель один, то: из числа секретарей руководителя, если руководителей несколько, то: из числа секретарей руководителей.
Правильно строчными: Многие работники были награждены почетными грамотами института.
Вы верно поставили знаки препинания в приведенном предложении.