Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.

Прилагательные серый и туманный вполне могут быть однородными, поскольку они оба характеризуют состояние атмосферы: серый, туманный день; серый и туманный день. Прилагательные загадочный и теплый вряд ли могут быть объединены каким-либо общим признаком. 

Предложение построено не очень корректно с точки зрения структуры и стилистики (возможно, это дословная запись чьей-то устной речи). Нужно отредактировать вторую часть, в том числе указать, о причинах чего говорится: Но все увольнения должны быть оформлены приказом, и причины увольнения нужно довести до сведения работника.

Правы обе стороны. Качественное прилагательное устойчивый (а это именно прилагательное, не причастие) пишется слитно с не, если автор намерен подчеркнуть утверждение (можно подставить наречие меры и степени, например: очень неустойчив), и раздельно — если он хочет усилить отрицание (возможна подстановка специальных слов, например: ничуть не устойчив). См. параграф 149 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Добавим, что усиление отрицания и, соответственно, раздельное написание обычно уместно в контексте возражения кому-либо, но в целом оба варианта соответствуют правилам.

В таких случаях необходимо тире с пробелами при любом количестве слов в названиях сторон. Это тире в функции соединения: саммит «Россия — ЕС», конференция «Китай — Центральная Азия».

Нужно поставить запятую перед союзом как, поскольку в основной части предложения есть указательное слово таким.

В этом предложении слово благо выражает эмоциональную оценку и является вводным: Настроить все системы можно через приложение, которое, благо, полностью русифицировано.

В этом предложении проблема не в пунктуации, а в стилистике. Сочетание точка, что стилистически некорректно. Перед придаточным предложением необходимо слово, обозначающее речь, мысль и т. п., а в этом случае изменится пунктуационное оформление, например: Это важная точка — понять, что, когда есть высокомерие, есть готовность разрушить счастье, уничтожить достижения всех, кто слабее. 

Частица пусть не требует постановки знаков препинания.

Пунктуация корректна. Это предложение с именительным темы, двоеточие в нем допустимо.