Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Лучше: в расчетах за март.

Правильно: купить за что (при указании на определенную сумму): купить очки за 1000 рублей.

Знаки препинания расставлены верно. За суходолом — уточняющее обстоятельство места, вся в зарослях бледно-розовой таволги — постпозитивное определение. 

Правильно: за 2,83 календарного дня, за 8,83 календарного дня. Существительным управляет дробная часть: восемьдесят три сотых (чего?) календарного дня.

Подобные сращения (это не редупликации) одним словом признать, конечно, нельзя, потому что каждое из них (и банки, и склянки) имеет и собственное значение, и полную парадигму словоизменения и т. д. Но их можно признать одним членом предложения, если они записаны через дефис (не через тире!). В таком случае можно говорить о синтаксически цельном сочетании слов.

Польские, чешские, словацкие фамилии на -ски, -ска принято оформлять с полными окончаниями в именительном падеже (хотя возможны варианты с усеченными окончаниями, особенно у женских фамилий) и склонять по образцу склонения прилагательных: Барбара Брыльска (Брыльская) – Барбары Брыльской, Роман Полански (Поланский) – Романа Поланского.

Верно: Бахова фуга. Имена прилагательные, образованные от личных имен, фамилий, кличек при помощи суффиксов −ов (−ев) или −ин и обозначающие индивидуальную принадлежность, пишутся с прописной буквы.

1. Склонение/несклонение аббревиатур связано всего лишь с традицией их употребления. Слово СПИД появилось в нашей речи еще в 1980-е годы и практически сразу стало восприниматься как полноценное существительное мужского рода, то есть приобрело способность склоняться и оформляться строчными буквами, например: Такая же участь ожидает нашу страну и наш народ, который теперь по государственному указу получает прививку духовного СПИДа, который грозит нам окончательной духовной гибелью [Г. В. Свиридов. Музыка как судьба (1987)]; Название этой страшной болезни тогда еще он не знал, но речь шла о спиде [Василий Катанян. Лоскутное одеяло (1980–1989)]. Аббревиатура ВИЧ, как показывает статистика, распространена существенно меньше.

2. В контексте в начале было слово присутствует не наречие, а существительное с предлогом, так как речь идет о начале начал.

3. Ударение в фамилиях на -их, -ых падает на окончание лишь в том случае, если это двусложные фамилии: Больши́х, Долги́х и т. п. В фамилиях с тремя и более слогами ударение такое же, как в исходных прилагательных: Полевы́х, но Пова́ренных. Сдвиг ударения в фамилиях первого типа отчасти можно объяснить тенденцией к ритмическому равновесию.