Вы привели пары слов, а не форм слов. Названные Вами суффиксы словообразующие. Обратите внимание: в слове косыночка суффикса -очк- нет. Косыночка образуется от косынка, к основе косынк- прибавляется суффикс -к-, при этом в основе происходит чередование к/ч и перед ч появляется беглая гласная о. Однако в начальной школе обычно не разграничивают суффикс -очк- и сочетание очк, появившееся на стыке морфем, так как для выбора написания различие это никакого значения не имеет, а объяснение сложных морфонологических явлений может запутать ребенка.

Вы правы. Слово функционал расширил свое значение, а словари, конечно, не успевают давать нормативную оценку всем лексическим новациям. Слово оказалось востребованным, оно используется и по отношению к техническим устройствам (функционал компьютерной программы) и по отношению к людям (функционал должности, сотрудника). На наш взгляд, ненормативным такое употребление признать уже нельзя, однако мы не рекомендуем использовать слово функционал в значении 'функции, обязанности человека'. Звучит бесчеловечно. Сочетания функционал устройства, прибора, программы и под. можно признать допустимыми, но в официальных документах они пока нежелательны.

Причин, по которым появляются исключения из орфографических правил, множество. И в одном ответе их все не перечислить. О том, как возникли некоторые исключения, мы рассказываем в передаче «Игра слов» на радио «Культура». Краткие справки вы найдете в «Объяснительном русском орфографическом словаре-справочнике» Е. В. Бешенковой и др. (М., 2015) и здесь.

Орфографическая история прилагательного разыскной (современная норма – написание через а) подробно описана в «Азбучных истинах».

Об исключениях цыган, цыпленок и под. обещаем сделать передачу в ближайшее время.

Спасибо за интересный вопрос!

Редакторы издания, которое Вы читали, могли снять запятую, руководствуясь следующим правилом: не обособляются распространенные определения, стоящие после определяемого существительного, если последнее само по себе в данном предложении не выражает нужного смысла и нуждается в определении.

Но в академическом издании «Анны Карениной» запятая в этом месте стоит (Толстой Л. Н. Анна Каренина: [Ч. 1—8] // Толстой Л. Н. Анна Каренина: Роман в восьми частях / АН СССР; Изд. подгот. В. А. Жданов и Э. Е. Зайденшнур. — М.: Наука, 1970. — (Лит. памятники). — С. 5—684).

Учитель прав. Здравствуй(те) и извини(те) могут быть междометиями (см. ресурс «Проверка слова») и формами повелительного наклонения глаголов здравствовать и извинить (здравствуйте долгие годы, извините меня).

Строго говоря, при такой формулировке задания, которую приводите Вы, выписывать эти слова было не нужно, т. к. в словаре слова даются в своей начальной форме (для глаголов это форма инфинитива: здравствовать и извинить). Раз в словаре даны формы здравствуй и извините, следовательно это междометия. Но знание таких тонкостей вряд ли можно требовать от учеников 4-го класса.  

В справочниках по правописанию не приводятся четкие правила написания названий пристаней. Справочник Д. Э. Розенталя «Прописная или строчная?» фиксирует: пристань Кинешма, пристань «Бухта радости». Из этого можно сделать вывод, что употребление кавычек зависит от того, соотносится ли название пристани с географическим названием (пристань Кинешма – пристань города Кинешмы), или же оно ближе к условному названию (пристань «Бухта радости»). Представляется, что название, о котором Вы спрашиваете, ближе к условному, т. е. можно провести аналогию с «Бухтой радости» и предложить написание пристань «Щучий проран».

Правила на этот счет не установлены, так что можно писать как прописными (XLS), так и строчными (xls) буквами. Что касается использования точки, то она обычно ставится перед расширением файла для обозначения его типа. Например, полный путь к файлу может выглядеть так: «C:\Users\User\Desktop\файл.xls». В этом случае точка после имени файла и перед расширением (xls) указывает на то, что это файл в формате Excel. Если же вы просто говорите о формате файла, то точку ставить не нужно.

1. Предпочтителен первый вариант пунктуации. 2. В 2006 году в издательстве «Эксмо» вышел полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации». Вопрос, когда его можно будет купить в Екатеринбурге, следует адресовать не нам, а издательству «Эксмо». Что касается свода правил, то если вы имеете в виду изменения, предложенные в 2001 году и опубликованные у нас на портале cм.  в учебнике С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации», то они не были приняты.

Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения. 

В нормативных словарях русского литературного языка существительное буянка не зафиксировано, однако в художественных и публицистических текстах оно (как окказионализм) изредка встречается: Преполовенская легонечко усмехалась, посматривала искоса на буянку, а сама притворялась, что глядит на улицу [Ф. К. Сологуб. Мелкий бес (1902)]; Но, если вы думаете, что в современном мире все извратилось, в том числе и отношения между мужчиной и женщиной, и парни стали предпочитать милым, робким, кротким девушкам неистовых буянок, то глубоко ошибаетесь [- Кать, не плачь! // Аргументы и факты, 2004.01.27].