Запятые не требуются: Это был хороший день. Ну как хороший... неплохой. Можно поставить тире вместо многоточия: Это был хороший день. Ну как хороший — неплохой.

В научной статье лучше выбрать форму Великолуцкий уезд, соответствующую старому произношению (такое написание принято, например, в БРЭ). В материале для широкого читателя предпочтителен тот же вариант, но стоит указать в сноске при первом упоминании, что современная форма прилагательного от Великие Луки — великолукский.

Мужскую фамилию Сек необходимо склонять. Женская фамилия не склоняется.

1. Предпочтительно: не содержит гормонов. См.:

Какой падеж нужен при отрицании?

2. Получи свободы.

Дело не только в расстановке запятых, само предложение построено неправильно. Возможные варианты правки: Он был отправлен на правах аренды в Милан, и многим казалось, что он никогда не вернется назад.  Он был отправлен на правах аренды в Милан и, как кажется многим, никогда не вернется назад.

Деепричастный оборот, стоящий после сочинительного или подчинительного союза либо союзного слова, отделяется от него запятой (такой оборот можно «оторвать» от союза и переставить в другое место предложения). Ср.: Жизнь устроена так дьявольски, что, не умея ненавидеть, невозможно искренне любить (М. Г.).

Сочетание по общему правилу не является вводным, это правда. Но дело в том, что обстоятельственные обороты с этими словами могут обособляться (и обычно обособляются), когда по смыслу они равнозначны придаточному предложению «если следовать правилу; как предписано правилом». Подробные рекомендации см. в «Справочнике по пунктуации».

Интересный вопрос. На наш взгляд, употребление кавычек здесь оправданно, ведь буквы О, Т, А есть и в кириллическом алфавите, и в латинском. Если мы напишем АО AlemGaz, читатель может не понять, что АО – это аббревиатура от акционерное общество, он может решить, что эти буквы – часть написанного латиницей названия. Поэтому корректно: АО «AlemGaz».