К сожалению, сайт работает нестабильно.

Запятые не нужны. Придаточная часть предшествует главной, поэтому запятая не должна разделять составной союз после того как (подробнее см. в «Справочнике по пунктуации»). Запятая перед и не нужна, так как части, которые этот союз соединяет, имеют общую придаточную часть.

В предложении есть деепричастный оборот регулярно проделывая это упражнение. Он сообщает о том, что некое лицо выполняет упражнение. Следующая часть предложения тоже должна быть посвящена этому лицу и его действиям; ср.: человек избавится от... В Вашем предложении не соблюдено грамматическое правило употребления деепричастных оборотов. 

Названия станций метро, остановок наземного городского транспорта заключаются в кавычки (в текстах, но не на картах и схемах); с прописной буквы пишется первое (или единственное) слово таких названий, а также все слова, которые пишутся с прописной буквы в составе соответствующих топонимов. Правильно: остановка «Улица Мосина».

Если имеется в виду, что не позднее 10 числа должна быть произведена оплата (а не выставлен счет), то части предложения следует поменять местами: Оплата по настоящему Договору производится Заказчиком ежеквартально, не позднее 10 числа первого месяца расчетного квартала, авансовым платежом на основании выставленного счета.

Сказуемые врач и не разобрал относятся к одному подлежащему Леня, так что по структурному принципу русской пунктуации запятая между ними ставиться не должна. Однако уместно поставить тире для подчеркивания значения противопоставления, выраженного частицей все равно: Леня сам врач — и все равно ничего не разобрал.

В таком контексте тук-тук, тик-так прочитывается как вставная конструкция, выделенная двойным тире и относящаяся, очевидно, к первой части контекста. Этой части противопоставлена вторая с помощью союза а, перед которым требуется запятая по общему правилу. Поскольку запятая после тире не ставится, она должна быть поставлена перед тире.

Если фамилия Королева прдставляет собой не притяжательное прилагательное с суффиксом -ев-, а существительное (что возможно, хотя и сомнительно с учетом традиции образования русских фамилий и употребления буквы Е вместо буквы Ё), то такая фамилия должна склоняться по образцу существительных типа мама: Королевы, Королеве и т. п.

Правильны оба варианта. Но в предложениях выражен разный смысл. Предлог к указывает, что что-л. совершится или совершается к моменту наступления срока. Смысл первой фразы такой: в самом начале рабочего дня (вторника) таблица должна быть уже в распоряжении руководителя. Второе предложение означает: допускается передать таблицу во вторник в любое время.