Корректно: Но сложно сказать, почему эпидемия закончилась, унеся всего лишь треть населения Европы, которая до этого была натуральным загнивающим Западом, заодно почистив популяцию, причём чёрного люда в первую очередь, так как его в целом было больше.  

В школьной грамматике числительные разделяются на четыре лексико-грамматических разряда: количественные числительные (пять, сто сорок четыре), порядковые (седьмой, двадцать второй), собирательные (двое, семеро), дробные (две трети, три четвертых).

В грамматическом отношении ярким своеобразием отличаются прежде всего количественные и собирательные числительные. На этом основании в научной грамматике в состав числительного часто вводят только эти два разряда числительных. Дробные числительные вообще не выделяют в качестве самостоятельного разряда, а порядковые числительные относят к другой части речи — прилагательным, поскольку грамматические свойства порядковых прилагательных совпадают с грамматическими свойствами прилагательных.

При таком подходе так называемые дробные числительные рассматриваются как сочетания слов (часто с союзом и), имеющие числовое или количественное значение и относящиеся к разным частям речи (две трети, одна вторая, шесть седьмых, одна целая пять десятых, четыре целых и двадцать пять сотых и т. п.). Две трети представляет собой сочетание количественного числительного и существительного.

В этом предложении сочетание в том числе не выделяется запятыми.

Возможно, это выражение сочли допустимым, как и оборот автор открытия. Между тем слово автор предполагает, что человек, которого так называют, выполнил некую созидательную работу. Следовательно, если контекст строгий, официальный, не шутливый, не игровой, то и сочетание автор находки оказывается в нем неточным и неуместным.

Запятые перед как действительно нужны в каждом из этих предложений. В первом из них как — союзное слово, присоединяющее придаточную часть сложноподчиненного предложения: ...чтобы спросить, как дела. Во втором предложении как — союз, присоединяющий сравнительный оборот: ...вращал ее вокруг своей оси, как балерину.

Верно: Источник таких сил называют Богом. Ориентироваться следует на грамматические свойства слова источник.