Да, слитное написание корректно.
Дефис (орфографический знак, соединяющий части слова) здесь ставиться не может, а тире (пунктуационный знак, соединяющий разные слова) возможно (при логическом подчеркивании).
Названные конструкции не требуют постановки запятых.
Рекомендуем писать оба слова в кавычках: «умный город».
Верно: жабра (слово женского рода). Форма множественного числа родительного падежа: жабр.
Что касается второго примера, то верны оба варианта: манжет (мужского рода) и манжета (женского). Форма множественного числа родительного падежа: манжет.
В официальных названиях учреждений с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные, например: Агентство по физической культуре и спорту Ярославской области, Комитет по делам молодежи Московской области.
Географические названия, выраженные прилагательными, обычно согласуются с родовым словом, т. е. склоняются: в поселке Тазовском, под хутором Михайловским, в селе Снежном.