Слова прежде всего выделяются в значении 'во-первых, главное' и не выделяются в значении 'сперва, вначале, в первую очередь' (см. в «Справочнике по пунктуации»). Здесь логичнее не ставить запятые («в первую очередь он приобретает знания»). Но окончательное решение принимает автор текста.

Вероятно, дело в том, что это название пришло в русский язык не напрямую из индонезийского, а посредством европейских языков.

Да, и в этом случае запятая перед союзом и ставится.

См. в Общероссийском классификаторе стран мира.

Для передачи внезапного перерыва в речи, изменения плавного хода мысли и т. д. запятая редко подходит. В Вашем случае самопоправку можно оформить как вставку: Хочу купить себе тетрадь большую — или лучше дневник, — для того чтобы...

Проверка возможна, так как глагол укротить (укрощать) образован от прилагательного кроткий. 

С грамматической точки зрения оборот включая проведение исследований относится к сочетанию с профилактической целью.

Выделение корня в слове вопрос зависит от типа анализа слова (словообразовательный или морфемный) и выбранного научного подхода.

Современные словообразовательные словари, задачей которых является установление отношений производности в словообразовательных парах, рассматривают это слово как непроизводное, являющееся результатом опрощения. Опрощением называется такое изменение словообразовательной структуры слова в ходе исторического развития языка, при котором производная основа, ранее членившаяся на морфемы, превращается в непроизводную. Лингвисты, занимающиеся словообразовательным анализом и придерживающиеся структурно-семантического подхода, рассматривают основы всех непроизводных слов как нечленимые, состоящие исключительно из корня. В данном случае опрощенье связано с тем, что в современном языке глагол вопрошать, от которого образовано слово вопрос, является малоупотребительным и стилистически окрашенным (подробнее см., например, «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова https://gramota.ru/poisk?query=вопрошать&mode=slovari&dicts[]=42 ). Кроме того, в современном языке приставка в- (вариант во-) употребляется с пространственным значением, которое в глаголах вопросить/вопрашивать не обнаруживается, а следовательно, мы не можем определить ее словообразовательное значение. Все это позволяет говорить о завершившемся процессе опрощенья и выделять при словообразовательном анализе корень вопрос-.

Однако в современном языке существуют словообразовательные цепочки, которые приводят к образованию слов по схожей модели, и в этих цепочках сохраняются отношения производности, что позволяет вычленять в них приставки и корень прос- (вариант праш-) как при словообразовательном, так и при собственно морфемном анализе, например: просить → за-просить → за-праш-ива-ть → за-прос; просить → до-просить → до-праш-ива-ть → до-прос и т. п. Эти модели являются образцами для морфемного анализа слова вопрос, так как морфемный формально-грамматический анализ включает не только выделение морфем на основе процессов словоизменения и словообразования, но и членение на морфемы по аналогии. Поэтому морфемные словари выделяют в слове вопрос корень прос- (см. например, «Словарь морфем русского языка» под ред. А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).