Запятая нужна только в том случае, если причастный оборот имеет добавочное причинное значение (т. е. смысл такой: программа совмещает... потому что она была разработана группой ведущих лингвистов и педагогов). Если такого значения нет, запятая не нужна.

А что означает это словосочетание?  Если это название произведения, правильно: «Дневник друга» – с большой буквы в кавычках пишется первое слово в названии литературных произведений, документов и т. д. Если это обычное словосочетание, правильно: дневник друга.

Выражение выпучить глаза ('широко раскрыть глаза от удивления, неожиданности, страха и т. д.') представлено в словарях с пометой разговорное. Выражение имеет отрицательный оттенок и допустимо, скорее всего, в ситуации, предполагающей эмоционально повышенное, напряженное состояние участников беседы.

Для рукописи вместо выходных данных указываете: в рукописи или рукопись.

Если год издания не обозначен, он не указывается. В ссылке будет так: Ураев 1, Ураев 2 и т. д. (если книг без указания года издания несколько).

Запятая не нужна. Подобные случаи соединения причастного оборота и деепричастного приводит Д. Э. Розенталь: Кучер, спавший опершись на локоть, начал пятить лошадей (Гонч.); Даже и Ласка, спавшая свернувшись кольцом в краю сена, неохотно встала (Л.Т.)

С географическим термином гора топонимы женского рода могут склоняться: у горы Белухи. Название Мусса-Ачитара лучше не склонять, т. к. это малоизвестное название. Названия гор мужского рода в сочетании с термином гора не склоняются: у горы Эльбрус.

Множественное число существительного выбирается при намерении или необходимости подчеркнуть, что речь идет о разных понятиях. Но возможно и единственное число существительного, т. к. эти понятия внутренне связаны между собой (оба флота входят в состав ВМФ России).

Кипрский – прилагательное от Кипр; киприотский – от киприот (житель Кипра), означает: 'относящийся к киприотам, принадлежащий, свойственный им' (например: киприотские песни). В приведенном Вами контексте лучше использовать прилагательное кипрский: кипрское свидетельство о браке (т. е. выданное государством Кипр).