1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.

На вторую часть Вашего вопроса ответить проще. Дело в том, что в этой приставке под ударением пишется чаще о, но в реальности — то, что слышится, то есть иногда и а: ра́спят, ра́звит (ср. ро́спись, ро́зыск), не говоря уже о ра́зум и ра́спря, где приставка практически не осознается. Поэтому без вариантов в написании гласного никак не обойтись. 

Тогда как вопрос о том, чтобы подвести написание приставок на з/с под общий принцип передачи на письме значимых частей слова, встает при каждом новом обсуждении путей усовершенствования русской орфографии. Решение Орфографической комиссии, закрепленное декретами 1917 и 1918 гг., состояло в том, чтобы распространить мену з на с на все приставки перед всеми буквами, обозначающими глухие согласные (в том числе и перед буквой с, чего ранее не было, а также на приставки без- и через-(чрез-), которые ранее писались только с конечным з). Можно полагать, что установление именно такого правила было связано с попыткой устранить содержащуюся в нем непоследовательность. Мена согласных именно в этих приставках обусловлена историческими причинами. См. формулировку М. В.  Ломоносова в "Российской грамматике" (1755):  "Предлоги, которые из согласных з и с составляются, из сего правила должно выключить, ибо древнее их употребление к тому принуждает. Положим, чтобы употреблять с, невзирая ни на мягкость, ни на твердость следующих согласных, то должно писать исбытокъ, расрыть, восбраняю. Положим, чтобы вместо с была всегда з, то принуждены будем писать: зколачиваю, зтекаю, изтребляю, возкресеніе. Но, видя коль странно и дико сие кажется перед избытокъ, разрыть, возбраняю, сколачиваю, стекаю, истребляю, воскресеніе, мне кажется, должно признаться, что для привычки перед мягкими з, воз, из, раз, перед твердыми с, воз, ис надлежит оставить".

Большой толковый словарь русского языка

КРИЧАТЬ, -чу, -чишь; кричащий; нсв. 1. Издавать крик (1 зн.). К. от боли. К. от восторга. Кричит грудной ребёнок (плачет). // Издавать громкие звуки (о животных; о человеке, подражающем им). Чайки кричат за кормой. К. перепелом. * Шумят и пенятся валы, И надо мной кричат орлы (Пушкин). 2. Громко говорить, громко сообщать что-л. Приходилось к., чтобы услышали в последних рядах. 3. кого. Разг. Звать громким голосом. Это не вас кричат? 4. на кого. Громко, резко говорить, браня, выговаривая и т.п.; орать. К. друг на друга. Он позволял себе к. на жену и детей. В гневе к. на учеников. 5. о ком-чём. Неодобр. Много и подробно обсуждать что-л. злободневное. Об этом договоре кричат во всех газетах. На всех углах кричат о предстоящем повышении цен. 6. Быть ярким свидетельством чего-л.; указывать на что-л., привлекать к себе внимание, будучи слишком заметным, броским. Вся обстановка в доме кричит о достатке и плохом вкусе хозяев. Криком кричать; на крик кричать (см. Крик). Хоть караул кричи (см. Караул). Крикнуть, -ну, -нешь; св. Однокр. (1-4 зн.).

ОРАТЬ, -ру, -рёшь; ори; обычно страд. прич. прош. нет; нсв. Разг. 1. Издавать громкие крики, вопли; плач (о человеке). Истошно о. О. изо всех сил. О. что есть мочи. О. от боли. О. от страха. Истошно орёт ребёнок. / О птицах, животных. Орут голодные козы. При виде собаки курицы начинали о. 2. Говорить слишком громко, кричать. Говори тише, не ори. Что ты орёшь на весь дом! 3. на кого. Громко, переходя на крик, бранить кого-л.; ругать. О. на бездельника. Прекрати о. на меня. 4. (что). Громко, во всё горло петь. О. частушки на всю деревню. О. песни во всю ивановскую. О. плясовую во всё горло.

Пунктуационные ошибки есть и во втором, и в четвертом примере.

Правильно раздельное написание (ср. на фиг, на фига).

Во-первых, много — не наречие, а неопределенно-количественное слово.

Во-вторых, это неполное предложение. В полном виде оно должно выглядеть примерно так:
У меня в этом учреждении много знакомых.

Понятно, что вместо у меня может быть у моей подруги, у него и т. д. Но указание на субъекта, о знакомых которого идет речь, обязательно: ведь ничьих знакомых не бывает. Вместо в этом учреждении может быть среди альпинистов, на телевидении, в сфере компьютерных технологий и т. п., хотя этот распространитель обязательным не является.

Далее, если мы заменим много на количественное числительное, то получим:
У меня в этом учреждении пять знакомых (допустим, врачей).
Обратите внимание на то, что числительное — в И. п.

А если мы оставим только одного знакомого, то «всплывет» опущенный бытийный глагол:
У меня в этом учреждении есть (имеется, нашелся) знакомый (врач).

Вот этот глагол и есть опущенное сказуемое. Бытийный глагол — сказуемое регулярно опускается (превращается в ноль), если объект обладания (в данном случае это знакомые) квантифицируется, то есть сопровождается количественной характеристикой.

Подлежащим же является существительное знакомый (если же имеется и слово врач, то, конечно, подлежащим является оно, а знакомый станет определением), а в случае квантификации объекта обладания — количественно-именное словосочетание пять знакомых, много знакомых.

В неполном предложении Знакомых много стандартный порядок компонентов изменен, потому что существительное знакомых говорящий, исходя из своего коммуникативного намерения, превратил в тему (исходный пункт) высказывания, а много — в рему (ядро) высказывания. Именно поэтому возникает впечатление, будто много становится сказуемым. Но это впечатление ошибочно. Следуя этой логике, нужно было бы объявить знакомых подлежащим, что, с точки зрения хоть сколько-нибудь традиционной грамматики, неприемлемо: подлежащих в родительном падеже не бывает.

Нужно уяснить, что грамматическое членение предложения и его коммуникативная организация (выделение темы и ремы) мало зависят друг от друга. Часто они согласуются друг с другом, но разобранный пример показывает, что они могут вступать и в конфликтные отношения. Однако изменить грамматическую структуру предложения его коммуникативная организация не может.

Извините за задержку с ответом. Пунктуация во всех приведенных Вами предложениях верна.