С пунктуацией при сочетании опять же ситуация непростая. См. в нашем «Справочнике по пунктуации»:

ОПЯТЬ ЖЕ, вводное слово (в начале предложения или части сложного предложения)

Служит отсылкой к сказанному прежде, указывает на связь между предложениями; то же, что «в добавление к сказанному, к тому же, кроме того». Интонационно отделяется от последующих слов. (...)

Опять же, у мужа Катерины фельшар есть ― друг-приятель ― так он мне лекарствия дает. Ф. Решетников, Тетушка Опарина. Вот я что думаю – не покажусь я им сразу. Издаля, по-тихому присмотрюсь. Опять же, соседа вызову, посовещаемся. Г. Владимов, Верный Руслан. Опять же, ведь и не быть тебе в Чердыни весь век, всё равно увезут… А. Иванов, Сердце Пармы.

При отсутствии интонационного выделения, а также при употреблении не в начале предложения (или части сложного предложения) слова «опять же» не являются вводными и не обособляются.

Опять же только начальство знало, что из этого получится, а начальством являлись Саша и Вадик. А. Гладилин, Прогноз на завтра. Но самих сторублевок они опять же не видели... А. Рыбаков, Тяжелый песок. Гнедые бывают. Карабахские ишаки опять же… А альбинос – это феномен. М. Веллер, Белый ослик. Знаешь эти хитрые тракторы «Беларусь»? Тут тебе и экскаватор, тут тебе и бульдозер, и тяговая сила опять же. В. Аксенов, Пора, мой друг, пора. Похоже на войну, только опять же на войну ночную с редкой перестрелкой... В. Астафьев. Пролетный гусь.

@ В текстах конца 19-го – начала 20-го века слова «опять же» в начале предложения часто отделялись двоеточием. И опять же: голос его был такой, что просился в душу… К. Станюкович, На другой галс. Опять же: в бога не веровала… ни тебе помолится, ни тебе перекрестится… М. Горький, Мещане.

В правилах правописания представлен лишь один случай отсутствия пробелов при тире – позиция между цифрами. К сожалению, в справочниках нет прямого указания на то, когда пробел нужен, а когда нет, и читателю приходится ориентироваться лишь на примеры.

Полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина 2006 г. рекомендует ставить тире в цифровой записи при указании на количество, примеры даются без пробелов: человек 12–15; ей лет 30–35; рублей 200–300; это было году в 1950–1951-м (раздел «Орфография», § 118, прим. к п. 5); явление не XVIII–XIX веков, а более позднее; рукопись объемом 10–15 авторских листов (раздел «Пунктуация», § 19).

Пробел между тире и цифрами – как арабскими, так и римскими – избыточен. Пробел между тире и словами необходим, поскольку тире чаще служит для соединения и разделения не отдельных слов, а неоднословных членов предложения (определяемого члена предложения и приложения, частей сложного предложения и др.). Также оправданно тире между цифрами и между словесно-цифровыми соединениями, если хотя бы один компонент из пары содержит пробел, например: 900 – 2 500, в конце XIX – начале XX века, в III в. до н. э. – I в. н. э.

К общим рекомендациям можно добавить, что пробелы при тире между римскими цифрами иногда появляются под влиянием текстовых условий, как оформительское решение. Так, в параграфе о соединительном тире «Правил русской орфографии и пунктуации» 1956 г. римские цифры отделяются от тире пробелами (вероятно, по аналогии с предыдущим примером): Перелеты СССР – Америка; Рукописи XI – XIV вв. (§ 178). При этом на других страницах книги (например, в оглавлении) никаких пробелов между цифрами нет.

Спасибо за найденное противоречие. Ответ на вопрос 306803 уточнен.

Речь идет о другом правиле, см. § 26 (конец третьего абзаца).

Слово не фиксируется в лингвистических словарях. Можно ориентироваться на другие слова, называющие различные виды животных и заканчивающиеся на -циды. В «Русском орфографическом словаре» зафиксировано четыре таких слова, и все они в род. падеже имею нулевое окончание: 

кокци́ды, -и́д, ед. -и́да, -ы,

сколеци́ды, -и́д, ед. -и́да, -ы,

сфеци́ды, -и́д, ед. -и́да, -ы,

хальци́ды, -и́д, ед. -и́да, -ы. 

По аналогии: миациды, (нет) миацид.

Заметим, что остальные слова на -циды называют различные вещества и в род. падеже имеют окончание -ов. Полный список слов можно получить на сайте «Академос» по запросу *циды. 

В этом сочетании не нарушены никакие нормы русского литературного языка. Подобный оборот можно встретить в текстах Ф. Достоевского, В. Катаева, А. Сахарова и др. Ср.: Мне казалось, что мысль о подорожной и лошадях (хотя бы и с колокольчиком) должна была представляться ему слишком простою и прозаичною; напротив, пилигримство, хотя бы и с зонтиком, гораздо более красивым и мстительно-любовным (Ф. Достоевский. Бесы); Его раздражал их дешевый цинизм, дешевый потому, что зубоскалить было легче легкого, он умел это получше их, однако жизнь, он убедился, гораздо более сложный процесс; сначала ее воспринимаешь по законам арифметики, а потом… (Д. Гранин. Иду на грозу).

Вопрос с сочетанием что значит может иметь разный смысл. Если говорящий задает вопрос о том, что́ имел в виду собеседник под словами не заходит, уместно использовать кавычки: Что значит «не заходит»? Если говорящий выражает возмущение тем, что кто-то куда-то не заходит, кавычки едва ли требуются, но уместно поставить тире, отражающее специфическую интонацию вопроса: Что значит — не заходит? Вопрос, начинающийся со слова в смысле, используется также для выражения эмоций — как правило, недоумения; соответственно, рекомендуется такое же пунктуационное оформление: В смысле — не заходит?

О характере сочетания я сказал в примерах, подобных приведенным Вами, см. ответ на вопрос 312745.

Говоря о нарицательных словах, вы, вероятно, имеете в виду правило 1956 года: «После согласных пишется е, кроме слов пэр, мэр, сэр, а также некоторых собственных имен, например: Улан-Удэ, Бэкон, Тэн». С середины ХХ века список исключений к правилу значительно пополнился новыми заимствованиями (например: бэкграунд, сэндвич (наряду с сандвич), фэнтези, хетчбэк), а также старыми словами, которые устойчиво писались с э вопреки правилу и первоначальной фиксации в орфографическом словаре (пленэр, мэтр). Более полный список слов с э дан в справочнике ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря» (см. правило 6).  

Для русской передачи иностранных собственных имен были разработаны специальные рекомендации, см., например:

Р. С. Гиляревский, Б. А. Старостин. Иностранные имена и названия в русском тексте. 3-е изд., испр. и доп. М., 1985;

Инструкция по русской передаче английских географических названий / Гл. упр. геодезии и картографии при Совете Министров СССР. М., 1975. 

Да, все именно так.