Сочетания типа по теореме X являются скорее обстоятельством причины (≈ «поскольку такова теорема Х»), нежели ссылкой на источник информации; теорема может быть приведена в разных источниках, созданных разными авторами. Конструкции вроде по словам учёных или по расчётам кого-то заключают в себе субъективность, то есть высказывание основано на мнении, данных или расчётах, которые могут быть подвержены изменению интерпретации или оценке. Такая субъективность характерна для вводных конструкций. 

При этом сочетания типа по теореме Х могут быть выделены запятыми, как и любые другие обстоятельства, для попутного пояснения или смыслового выделения. 

Это конструкция, эквивалентная сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, например: Кто записаны, получат билеты получше; У кого детей нет, редко дачу снимают и т. п. В таких конструкциях обычно ставится запятая, однако «при отсутствии интонационного отделения» запятая не ставится: Найдите мне кто вяжет; Пускай кто остаётся работает. В Вашем примере есть фактор, отменяющий запятую перед сравнительным союзом как, — смысловая недостаточность глагола выглядело, который без сравнительной конструкции не выражает нужного значения. 

Сравним: Все выглядело в точности так, как запомнилось Марии — в этом случае, при наличии соотносительного слова, запятая ставится обязательно.

Подобный вопрос возникает, когда в предложении отсутствует родовое слово перед названием. Сравним обсуждаемый вариант с лексически полным предложением, свободным от грамматических коллизий: Если нажать на три точки у кнопки «Загрузка», можно посмотреть дополнительную информацию. Очевидно, что никаких грамматических правил не существует для лексически неполных предложений, в которых имена собственные не предваряются родовыми словами. Авторы лаконичных высказываний самостоятельно выбирают падежную форму имени собственного — с учетом контекста, смысловых особенностей предложения, речевых традиций в той сфере, в которой текст будет «жить», и представления о том, будет ли написанное понятно читателю.

Сочетание при всём (моём) уважении (к N) играет роль обстоятельства уступки (= «хотя я уважаю N»). Обстоятельства, выраженные формами существительных с предлогами, могут обособляться «для попутного пояснения или смыслового выделения» (см. параграф 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Как правило, в начале предложения обособление таких обстоятельств неуместно, а в позиции между подлежащим и сказуемым — как в Вашем примере — оно нужно. Что касается последнего примера, то в нем, находясь в конечной позиции, это обстоятельство образует присоединительную конструкцию.

К прекрасно проведенному Вами лингвистическому анализу добавим следующее: у выражения расставить приоритеты давняя история. В научных текстах 80-х годов ХХ века встречаем: решать проблему расстановки приоритетов в финансировании направлений; расставить приоритеты в практической деятельности; в модели были расставлены приоритеты распределения чугуна собственного производства. Одна из научных работ носит название, объясняющее смысловые и функциональные предпосылки выражения: «Применение метода расстановки приоритетов для решения технических и экономических задач». Специалистам в разных сферах промышленности этот речевой оборот помогал и помогает выразить важное прикладное значение. Безусловно, ответ справочной службы нуждается в корректировке, и мы ее обязательно сделаем.

В примере из справочника мы имеем дело с обособленным обстоятельством.

Обстоятельства, выраженные существительными в формах косвенных падежей с предлогами, обособляются для попутного пояснения или смыслового выделения. Такое обособление факультативно.

Это же обстоятельство из озорства могло и не обособляться. Тогда вводное слово должно быть выделялось бы запятыми с двух сторон, хотя стало бы неясно, к какому из обстоятельств в предложении оно относится.

В Вашем предложении слова из-за многозначности также могут выступать как обособленное обстоятельство (в том числе со значением присоединения), если это соответствует смыслу предложения и интонации. Но автор текста не стал обосабливать их. Поэтому выделяется только вводное слово вероятно.

Если слова доказательство и свидетельство употребляются в качестве юридических терминов в тексте документа, то оценивать их уместность должны специалисты в области права. Что касается употребления терминов в сложных предложениях, то необходимо учитывать смысловые особенности частей предложения, а также нормы сочетаемости обсуждаемых терминов с дополнениями; ср. доказательство того факта, что...; доказательство причастности к событию; свидетельство правоты; свидетельство того влияния, какое... Предложения, представленные в Вашем вопросе, могут быть истолкованы так, что речь идет о доказательствах и свидетельствах того человека, кто нанес ущерб. Если автор хотел сказать именно это, то предложения можно считать корректными. Если замысел был другим, то предложения нужно исправить.

Сочетания предстанет возможность, предстала возможность не только имеют право на существование, но и существуют: в публицистических и художественных произведениях двух минувших веков и в настоящее время встречаются предложения, в которых сказуемое и подлежащее выражены именно этими словами. Стоит только заметить, что чаще употребляется глагол в форме прошедшего времени предстала, что, по-видимому, объясняется уже внешними причинами, имеющими отношение к характеру связи понятия «возможность» с категориями прошлого и будущего. Словарные описания глагола предстать можно анализировать и сравнивать, используя материалы специального раздела на нашем портале. В толкованиях не обнаруживаются такие смысловые признаки, какие препятствовали бы употреблению обсуждаемых сочетаний.

Оба приведенных варианта допустимы, но предпочтителен первый из них: тире в бессоюзной конструкции лучше отражает смысловые отношения между ее частями. А еще лучше их отражает двоеточие, поскольку это отношения пояснения: Если честно, получилось как в столовой: гарнир вкусный, мясо не очень. Если автор намерен подчеркнуть противопоставление двух последних частей конструкции, он может использовать тире: Если честно, получилось как в столовой: гарнир вкусный — мясо не очень.

Тире между подлежащим и сказуемым в двух последних частях конструкции допустимо, если в другом месте предложения не поставлено тире, например: Если честно, получилось как в столовой: гарнир — вкусный, мясо — не очень.