Правильно: «В торговой сети "Лавка"».

Существуют различные варианты оформления перечней, они подробно описаны в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой. Однако главный принцип таков: разные ступени перечня должны быть выделены по-разному (например, абзацным членением, римскими и арабскими цифрами, прописными и строчными буквами, шрифтовыми выделениями и т. п. Ваш перечень состоит из двух уровней, поэтому его оформление может быть весьма простым. Например:

Характеристики корабля:
— энергия: 18;
— скорость: 14;
— сила: 15.

Если это предложение целиком, то слова как в лесу выступают в роли сказуемого. Поэтому запятая перед как не нужна.

Нормативно: поехать на Украину, вернуться с Украины.

Уверены, что следует сделать именно так, как Вы предложили, то есть при начале публикации обозначить следующее: Вторник. Повесть. Глава 1. Утро. Начало; в конце же: Окончание следует. В следующем номере: Вторник. Повесть. Глава 1. Утро. Окончание со сноской Начало см.:... 

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Словари, как можно судить по материалам размещенных на нашем портале изданий, не отмечают произносительные варианты у наречного сочетания все равно. Такое словарное «молчание» позволяет считать, что и какие-либо смысловые или стилистические особенности у этих вариантов не обнаруживаются. Впрочем, словари не всегда отражают нюансы словоупотребления, но это означает, что поиски ответа на вопрос с помощью научной литературы и на основе наблюдений могут представлять собой самостоятельное, отдельное исследование.