Дело в том, что языковая норма меняется и не всегда легко уловить тот момент, когда еще вчера считавшееся новым сделалось нормативным, а всегда считавшееся единственно верным вдруг стало оцениваться как устаревающее. С нормами ударения это наиболее заметно. 

В частности, лингвисты давно наблюдают за колебаниями ударения у глаголов на -ировать, которые освоены русским языком сравнительно недавно (в середине ХХ века их насчитывалось едва ли 5 сотен). Изначально ударение у таких глаголов падало на последний гласный суффикса (-ирова́ть), но достаточно быстро стало смещаться к середине слова. Например, в изданном в 1909 году словаре В. Долопчева "Опыт словаря неправильностей в русской разговорной речи" оценивалось ка сугубо ошибочное произношение слов блоки́ровать, вальси́ровать, форси́ровать и других. Процесс передвижки ударения у глаголов на -ировать с последнего гласного суффикса (-ирова́ть) на первый (-ировать) (а у образованных от них причастий с -иро́ванный на -и́рованный) продолжается и сегодня. У отдельных глаголов этого типа место ударения стало показателем их значения в современном русском языке, например: бронирова́ть (более старое) – 'покрывать броней' (брониро́ванный) и брони́ровать – 'закреплять что-либо за кем-либо' (брони́рованный). Так, Русский орфографический словарь отмечает, что в значении прилагательного нормативна форма газиро́ванный, а в значении причастия – газиро́ванный и гази́рованный. 

Можно заключить, что молодая норма постепенно вытесняет старую, однако для некоторых слов не все составители словарей готовы признать этот процесс уже завершившимся. 

О фонетических причинах перехода ударения написано в нашем ответе, который Вы процитировали. Фонетические законы очень сильные, иногда они вступают в противоречие с нефонетической логикой. 

Правила согласования топонимов и личных имен с родовыми наименованиями отличаются от правил согласования иных наименований. Ср.: к сыну Николаю (согласуем), в городе Москве (согласуем), о профессоре Кронгаузе (согласуем), но в диалоге "Пир", в поэме "Дядя Степа", на планете Марс.

В сочетании город Байконур имя собственное склоняется: администрация города Байконура, подъезжать к городу Байконуру. Ср.: на космодроме Байконур, к космодрому Байконур.

Столица Урала, янтарная столица — это образные описательные выражения. Они не стали неофициальными названиями, не фиксируются в таком качестве словарями, в текстах устойчиво пишутся со строчной буквы.

Возможно, осмыслению сочетания столица Урала как названия препятствует структура — «столица чего» (ср. столица России, столица Белоруссии, столица Кузбасса, столица Калининградской области). Слово столица воспринимается исключительно как родовое.

Сочетания прилагательного со словом столица похожи на типичные географические названия с родовым словом (Московская область, Белое море, Приморский край, Васильевский остров), что располагает к их использованию как названий. Сочетание Северная столица давно закрепилось в таком качестве и отмечено словарями, Уральская столица употребляется реже, но вполне корректно, например в названии статьи «В Уральской столице презентовали новую книгу об императоре Николае II» [Vesti.ru, 20.07.2016].

Сочетание янтарная столица, по данным Национального корпуса русского языка, менее употребительно, чем столица Урала или уральская (Уральская) столица, и обычно вводится в текст не как название, а как характеризующий оборот, например:

Это правда, что вы хотите переселить в Россию 15 тыс. специалистов-янтарщиков из Польши и Литвы и таким образом в перспективе сделать Калининград янтарной столицей мира? [Елизавета Маетная. «Янтарный комбинат превратился в бизнес: «выкопай и продай посреднику» // Известия, 29.05.2012];

Я был в Доминиканской республике трижды, и сам искал эти камни и находил, и конечно это удовольствие подарить такой камень, так как Калининград — это янтарная столица мира, и естественно, здесь должен быть такой камень тоже [Музей янтаря получил подарок с острова Гаити // Vesti.ru, 03.03.2009].

Интересно, что сочетание Янтарный край вполне может претендовать на фиксацию в качестве неофициального названия: оно стало устойчивым обозначением Калининградской области в современных текстах.

Название фиксируется «Большим толковым словарем русского языка» под ред. С. А. Кузнецова с пояснением «об Африке» и пометой публиц., означающей, что название употребляется в СМИ с целью определенного эмоционального воздействия. Судя по данным Национального корпуса русского языка и новостных ресурсов, название весьма активно и уничижительный смысл в него не вкладывается. Ср. несколько контекстов.

В 1974 году, когда сборная Заира выступала на чемпионате мира в ФРГ, судья по ошибке удалил с поля не того игрока. Потерпевший предположил, и это показалось самым правдоподобным объяснением, что для колумбийского арбитра Омара Дельгадо чернокожие футболисты все были на одно лицо. Но уже тогда наиболее прозорливые тренеры говорили об огромном потенциале Африки. Слова англичанина Уолтера Уинтерботтома о том, что настанет день, когда одна из сборных Черного континента станет чемпионом мира, цитировались с конца 1950-х годов бессчетное число раз. [«Русский репортер», 2010]

Львы, леопарды, буйволы, носороги и слоны ― эта «большая пятерка» животных давно стала визитной карточкой Южной Африки. Та область Черного континента отличается поразительным разнообразием флоры и фауны. Здесь можно встретить столько редких, экзотических растений и животных, сколько не найти, наверное, ни в одном другом уголке земного шара. Но можно ли назвать современную Южную Африку подлинным райским уголком для всего живого, этаким «Ноевым ковчегом», сохраняющим для потомков память о поразительном богатстве природы на нашей планете ― богатстве, так бездумно растраченном людьми? Страна ― хозяйка недавнего чемпионата мира по футболу, ЮАР, отнюдь не в чести у экологов. [«Знание ― сила», 2011]

При этом благодаря преобладающим ярким цветам главного зала даже самые далекие от Африки участники форума мысленно переносились в пустыни и джунгли Черного континента. [«Известия», 2019]

Если в чопорной Британии споры о парламентских одеяниях носят достаточно спокойный и непринужденный характер, то в молодых демократиях Черного континента кипят по-настоящему африканские страсти. [lenta.ru, 2016] 

См. ответ на вопрос № 252753.

Вопросительный и восклицательный знаки, а также многоточие ставятся перед закрывающими кавычками, а точка после них. Правильно так:

Он сказал: "Будет сделано".
Он спросил: "Будет ли сделано?"
Он воскликнул: "Будет сделано!"

Если вопросительный, восклицательный знаки или многоточие относятся ко всему предложению вместе со словами, заключенными в кавычки, то названные знаки ставятся после закрывающих кавычек: А он сказал: "Будет сделано"?