После присоединительного союза (в начале самостоятельного предложения) запятая перед вводным словом обычно не ставится, т. к. союз тесно примыкает к вводному слову. Запятая ставится только при сильном интонационном выделении вводного слова. Окончательное решение – за автором текста.

Действительно, предложение построено небезупречно. Такая неаккуратность характерна спонтанной устной речи, и если ее необходимо передать на письме, то двоеточие или тире перед когда будут уместны.

Если предложение можно отредактировать и сделать более связным, его следует перестроить.

Сочетание в основном не требует постановки знаков препинания. Однако если в основном начинают собой присоединительный оборот, то они выделяются вместе с относящимися к ним словами, т. е. ставится запятая перед ними.

Спасибо за замечание. Ответы исправлены.

Союз вместе с тем не требует выделения знаками препинания. Союзные сочетания а вместе с тем, но вместе с тем, как правило, соединяют простые предложения в составе сложного и перед ними ставится запятая или другой знак препинания.

Правильно: в связи со структурными изменениями.

Предлог со фонетически закономерен перед словами, начинающимися с сочетаний [с, з, ш, ж + согласная] или с согласной [щ]: со ста, со славой, со звездой, со шкафа, со жгутом, со щами.

Написание Е подчиняется правилу о чередующихся гласных: в корнях бер-бир, дер-дир, мер-мир, блест-блист и др. пишется И, если дальше следует суффикс -а-, при его отсутствии пишется Е: берет – забирает, блестеть – блистать, выдеру – выдирать и т. п.

Этот знак называется тире. Его постановка после обобщающего слова перед рядом однородных членов — вариант нормы (см. примечание к параграфу 36 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). 

В этом сложноподчиненном предложении можно поставить как запятую (по общему правилу), так и тире (поскольку придаточная часть если это так стоит перед главной частью благодарю): 1) Если это так, благодарю; 2) Если это так — благодарю.

Запятая перед союзным словом что ставится для отделения придаточной части сложноподчиненного предложения. Акцентировать это союзное слово, если есть необходимость, можно с помощью шрифтового выделения или знака ударения, например: ...хочу уточнить, что́ мы решили в последний раз.

Правильно: В коридоре стояла обувь: сапоги и туфли.

Двоеточие ставится перед перечислением, если в предложении есть обобщающее слово. В данном случае «обувь» является обобщающим словом для перечисляемых предметов —«сапоги и туфли».