В указанном месте нет оснований для постановки сразу двух знаков. Очевидно, автор, К. Г. Паустовский, использовал запятую и тире как единый знак, в целом довольно распространенный в художественных текстах XIX — первой половины ХХ века. В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), в примечании 1 к параграфу 130, указано, что «знак этот в настоящее время утрачивает свою активность».

Нормативными словарями современного русского языка это существительное не зафиксировано, так что говорить о строгой нормированности его произношения не приходится. С одной стороны, этимологически термин пергон имеет немецкое происхождение и представляет собой контаминацию двух слов (pergola "крытая, решетчатая аллея, галерея" и gabion "ящик из металлической сетки") — а немецкое слово имеет ударение на первом слоге. С другой стороны, для русского языка гораздо более естественным является ударение на втором слоге. 

В этом сложном предложении с уступительными отношениями частей нет оснований ставить запятую и тире, нужно выбрать один из этих знаков. Употребление запятой и тире как единого знака наблюдалось в художественных текстах XIX — первой половины ХХ века. В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), в примечании 1 к параграфу 130, указано, что «знак этот в настоящее время утрачивает свою активность».

Предложение переводчик наотрез отказался воспринимать хоть одну каракулю оттуда представляет собой вставку (вставное предложение). Поскольку в части, предшествующей вставке, нет оборотов, которые необходимо закрыть (обособленных определений, придаточных и т. д.), ставить запятую перед первым тире не требуется, достаточно лишь запятой перед вторым тире: Инструкция была написана не иначе как на сатанинском — переводчик наотрез отказался воспринимать хоть одну каракулю оттуда, — поэтому пришлось убить добрую половину часа на то, чтобы разобраться в сборке самому.

В этом бессоюзном сложном предложении тире поставлено корректно, так как его вторая часть может быть интерпретирована как присоединительное предложение. Однако между первой и второй частью можно усмотреть отношения причины, обоснования (вторая часть отвечает на вопрос Почему ты рушила желаний пирамиду?) и поставить двоеточие. Пунктуация в этом предложении зависит от смысла, который хочет выразить автор. Заметим, однако, что строение частей и их лексический состав не позволяет увидеть здесь перечислительные отношения, а потому запятая будет неуместна.

Ударение на первом слоге в слове сту́пица было зафиксировано как допустимое уже в "Орфоэпическом словаре русского языка" под редакцией Р. И. Аванесова в 1983 году. Что касается упоминаемых Вами словарей М. А. Штудинера и М. В. Зарвы, то нужно учитывать, что это словари особого типа: они предназначены для работников СМИ и в них не приводятся варианты. В грядущем году должен выйти в свет новый "Большой акцентологический словарь современного русского языка". 

Да, в образных названиях государств с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но это бесспорно для таких названий, где есть устойчивая традиция употребления. Не для всех названий такое устойчивое написание закрепилось. Поэтому чем менее распространено название, тем больше вероятность, что оно не захочет подчиняться данному правилу. Например, в контексте Хочу провести отпуск в стране пиццы и спагетти строчная буква более чем уместна. Окончательное решение в спорных случаях следует оставить за автором текста.

Кавычки нужны: парк «Яуза», мост «Багратион». Кавычки выполняют здесь сразу две функции: 1) показывают, что название условное (ведь Яуза — это в первую очередь река, а не парк; Багратион — фамилия полководца, а не мост), и 2) подчеркивают синтаксическую несогласованность между родовым словом и названием (ср.: Тимирязевский парк, Шелепихинский мост, где присутствует согласование).

При этом кавычки вполне могут отсутствовать на картах и схемах, в логотипах и т. д.