Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

См. ответ на вопрос № 259386.

В приведённом вами предложении запятая после "новых функций" не требуется. Но Вы совершенно правы: предложение следует перестроить, иначе смысл его не вполне ясен. 

В сочетании город Байконур имя собственное склоняется: администрация города Байконура, подъезжать к городу Байконуру. Ср.: на космодроме Байконур, к космодрому Байконур.

Да, это корректное оформление. В данном случае авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, см. примечание 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

В примере (1) Прежде чем СКАЗАТЬ СВ надо сначала ПОДУМАТЬ СВ значения повторяющихся действий нет. Значение потенциальности видеть можно вполне (ведь использован инфинитив). Использование двух форм НСВ в (2) подчеркивает процессуальность (длительность), значение повторяемости может быть внесено только дополнительными лексическими средствами (каждый раз, всегда и т. п.). В (2) и (3) использование НСВ думать ведет к предпочтительной трактовке предложения как совета (или даже замечания); если (1) и (4) можно с равным успехом адресовать как собеседнику, так и себе самому, то (2-3) по отношению к себе самому маловероятно (разве что как выговор самому себе).

В целом все варианты вполне дееспособны. Что же касается вопроса, какое действие подчеркнуто сильнее, то ответа на него нет: вид не прагматическая категория, с его помощью ничего не подчеркивается. Подчеркнуть некоторый аспект смысла можно нарочитым лексическим выбором, частицами, интонацией… Вид я бы назвал — если его все-таки включать в этот список — последним в ряду подобных средств. Нет у него такой функции.
 

Такое оформление вполне корректно.

По той же причине, что и в Италии Москву называют Mosca: любые заимствованные слова, в особенности собственные имена, претерпевают изменения, осваиваются в "новом" для себя языке. Исторические преобразования слова Рим описаны в этимологическом словаре Макса Фасмера. Приводим словарную статью:

index" id="selectionindex5">Этимологический словарь русского языка. — М.: Прогресс. М. Р. Фасмер. 1964—1973.

Да, конечно, зафиксировано.

ОНЁРЫ (фр.). В карточной игре: определенные карты, которые при расчете засчитываются особо. Словарь иностранных слов, вошедших в состав русского языка.- Чудинов А.Н., 1910.

ОНЕРЫ в карточной игре старине козыри от туза в последовательном порядке по старшинству. Полный словарь иностранных слов, вошедших в употребление в русском языке.- Попов М., 1907.

ОНЁР а, м. honneur sing., honneurs pl. 1. Честь; почести, знаки внимания, уважения. Окажите нам faveur. Будем ли иметь honneur В вашем доме faire musique? Tout à vous. N. Кукольник. Шуточное послание Н. Кукольника И. Мятлеву. // РА 1891 2 500. Письмо Ваше .. я получил уже здесь - так как с неделю тому назад вернулся из Оксфорда, где получил всяческие онёры. 1879. Тург. - М. М. Стасюлевичу. // ПСС 30-13 (12) 2) 96. - А вы бывший студент? - со всей характеристической улыбочкой осведомился Пирожков. - Какой вопрос! - обиделся Леденщиков и оглядел Пирожкова. - Знаете что, - сказал ему Палтусов, - вы уж ваши онеры на нынче оставьте. Бобор. Китай-город 231. ♦ Делать honneurs. < faire les honneurs. Принимать гостей. Вечером было музыкальное собрание у Саши. Мария <жена Александра II > нездорова и не выходила, и жинка должна была делать les honneurs. 4. 3. 1861. Константин Дн. 309.2. В некоторых карточных играх - козырная старшая карта, от десятки до туза. БАС-1. Онерами называют в козырной масти пять старших карт: туз, король, дама, валет, десятка. Шевляковский 1890. Клянусь вам, Милостивая Государыня, всеми четырьмя вистовыми онерами, что состояние мое на сем свете хуже самой последней двойки. 1791. Переп. моды. // Покровский Щеголи Прил. 132. У Косолапова была игра посредственная, а у него неслыханная: туз, король, дама, валет, десятка (пять онеров), восьмерка, семерка козырей, туз, король червей, а остальное всё старшие пиковки. Панаев Актеон. // П. 1987 300. - На плаху, слышите! - на плаху пойду, если вы докажите, что у вас было четыре онера! .. У меня была дама и десятка. 1884. Василевский Наши нравы 11. Иметь на руках три онера. Онерами в империале называются карты, стоящие по 4 поэна. Орбакас 2003 141. ♦ Все (свои) онеры. шутл. Все (свои) преимущества, выгодные стороны; всё, что присуще кому-, чему-л. БАС-1. - А эта дамочка-с, видно, все свои онеры вам показала..? - с улыбкой бросил адмирал. Станюкович Смотр. ♦ ирон. Нежданно-негаданно нагрянула подагра - да такая, какой отроду не бывало: разом в обеих ногах, в обоих коленях... просто все онеры. 16. 5. 1874. Тург. - Я. П. Полонскому. ♦ Со всеми онёрами. шутл., Со всем, что необходимо, что полагается ничего не исключая. [Снафидина :] Какой это пикник? [Барбарисов:] Веселый, со всеми онёрами, с дамами. А. Островский Не от мира сего. // РР 1994 6 102. Правда, я давно любила Долинского, я любила в нем мягкого и честного человека, ну, пожалуй, даже любила его так-таки, по всем правилам, со всеми онерами. Лесков Обойденные. // 12-3 214. Хватит <денег> даже и на пожизненное содержание какого-нибудь голого попа, с шампанским и прочими онерами. Дело 1886 2 1 233. Старички еще потребовали для себя свой собственный классический кадриль, составили его сами и протанцевали не спеша, со всеми онёрами, ригодонами, pas de пижонами, pas de басками и антрша. 1894. Каменская Восп. 219. Маятник предпочтений качается от возврата к абсолютной монархии до Гитлера и сталинских пятилеток со всеми онерами средневековой окраски. ЛГ 3. 12. 1997. Его дело констатировать <смерть> , и он и законстатировал старикашку со всеми полагающимися анюрами <так>. М. Дайнека Пасынки Гиппократа. // Нева 1998 7 88. Пишу тебе на машинке "Колибри".. Маленькая, портативная, но со всеми онерами XX века. 27. 3. 1959. В. Я. Венгеров - М. А. Швейцеру. // Киносценарии 2000 4 182. - Лекс. Толль 1864: онеры; Уш. 1938: онёры.
Исторический словарь галлицизмов русского языка. Епишкин Н. И.. 2010.