Это слово среднего рода. Род аббревиатуры определяется по опорному слову (министерство).
Для запятой нет оснований.
Непростой вопрос. Фамилию Козино склонять не следует: не склоняются фамилии, оканчивающиеся на о (ни мужские, ни женские). Имена Полла и Илария по отдельности склоняются: Полла – Полле, Илария – Иларии (если ударение не падает на я; если же ударение падает на я, правильно: Иларие, как Зульфия – Зульфие). Так же они должны склоняться и в составе двойного имени (ср.: Анне-Марии, Анне-Виктории). Таким образом, правильно: аттестат выдан Козино Полле-Иларии (или, если ударение падает на я, Полле-Иларие).
Корректно: У героини появилось, помимо хорошего настроения, желание жить.
Самый быстрый способ узнать - посмотреть в электронных словарях.
Запятые поставлены верно.
Правило простое: под ударением всегда пишется та буква, которая слышится. Ударная позиция является сильной для гласных.
Без родового слова возможны варианты. Подробнее см. в «Письмовнике».