Наращение при указании года не требуется.
Правильно: 05.04.08. Допустимо: 5 апреля 2008 г. Подробно см. в Письмовнике.
Запятыми выделяется уточнение.
Первая запятая возможна: обороты по условиям (чего-либо) могут обособляться с целью интонационно-логического выделения (решает автор текста). Вторая запятая не нужна.
Да, могут. Предложение составлено в соответствии с правилами русского языка.
В этом предложении нужен только один знак препинания – точка в конце. Обороты с предлогом начиная с (чего-либо) не обособляются, если предлог в буквальном смысле указывает на время, дату начала чего-либо (при этом слово начиная обычно можно опустить).
В школьных тетрадях принято ставить точки после заголовков и дат.
Только сначала дата, потом номер. И лучше заглянуть в сам указ, как там это написано.