Если существительное не имеет формы ед. ч., то у нас нет формальных (школьных) методов для определения рода (хотя в "Грамматическом словаре русского языка" А. А. Зализняка род указан и для таких слов). Если существительное употреблено в форме мн. ч., но при этом его можно поставить в форму ед. ч., тогда никаких проблем с определением рода быть не должно.

Принципиальное значение здесь имеет место ударения в названии. Слова на -ия, где -я безударное, имеют в предложном падеже окончание -и (станция – на станции, армия – в армии, Россия – в России). А вот если -я ударное, в предложном падеже окончание -е: Зульфия (имя) – Зульфие.

«Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка отмечает, что есть два варианта: Килия (официальный) и Килия (общеупотребительный). Так же будут различаться и варианты написания: в Килии (официальный) и в Килие (общеупотребительный).

Правы и Вы, и Ваша коллега. Согласно «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка, слово кукла в значении 'игрушка' может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. А вот кукла в значении 'человек' (куклой можно назвать бездушного и пустого человека, а также человека, слепо действующего по воле другого) – только одушевленное.

Формы в «Викисловаре» скопированы из «Грамматического словаря русского языка» А. А. Зализняка. Такие формы есть, но они, конечно, либо малоупотребительны, либо практически не употребительны.

Оба варианта - и "убивает микробов", и "убивает микробы" - нормативны. Можно проверить это, например, по "Грамматическому словарю русского языка" А. А. Зализняка.

Слово "засор" словари русского языка фиксируют.

Вообще говоря, род не принято определять у существительных, не имеющих формы множественного числа. Но "Грамматический словарь" А. А. Зализняка считает слово очки существительным мужского рода.

Если же речь о форме мн. ч. слова "очко", то род, разумеется, средний.

Все формы слов приводятся в "Грамматическом словаре" А. А. Зализняка. В большинстве других словарей принято указывать, кроме начальной формы существительного, также форму родительного падежа единственного числа. Если существительное имеет ударное окончание А, Я во мн. ч. им. п., то это специально оговаривается. Форма на И, Ы считается стандартной, поэтому она обычно не приводится в словарях (именно поэтому там нет формы орехи).

Согласно «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка, имя Адель может употребляться и как склоняемое, и как несклоняемое существительное.

Эти фамилии, действительно, могут склоняться – но только в непринужденной устной речи, причем с некоторым оттенком фамильярности. Вероятно, именно о таком разговорном употреблении шла речь на «Эхе». Согласно строгой литературной норме, фамилии на -ых не склоняются (ни мужские, ни женские). Как несклоняемые они отмечены, например, в «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка.

Приведем также цитату из работы Н. А. Еськовой «Трудности словоизменения существительных»:

«Особый тип представляют собой русские фамилии на -ых (-их), выдающие свое происхождение от формы родительного (и предложного) падежа множественного числа прилагательных: Белых, Черных, Крученых, Кудреватых, Долгих, Рыжих. По строгим нормам литературного языка такие фамилии не склоняются: лекции Черных, роман Седых, творчество Крученых и т. п.

Примечание. В непринужденной разговорной речи существует тенденция склонять такие фамилии, когда они принадлежат мужчинам, действующая тем сильнее, чем ближе общение с носителем фамилии. Так, в ныне не существующем Московском городском педагогическом институте им. Потемкина студенты сороковых-пятидесятых годов слушали лекции Черныха, сдавали экзамены и зачеты Черныху и т.п. (сказать иначе никому не приходило в голову). Если бы эта разговорная тенденция победила, фамилии на -ых, -их перестали бы отличаться от прочих фамилий на согласные».

Справиться с этой задачей Вам поможет словарь, в котором слова расположены в обратном алфавитном порядке, т. е. по алфавиту конечных, а не начальных букв слова. Таков, например, «Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка.