Опунция — склоняемое существительное, корректно: экстракт кактуса опунции. Склонять хорошо еще и потому, что читатель, незнакомый с названием растения, из фразы экстракт кактуса опунция сделает вывод, что имеется в виду *кактус опунций.

Это слово пока не зафиксировано в нормативных словарях русского языка, поэтому нет «правильного» и «неправильного» варианта. Слово продолжает осваиваться языком.

Пока можно предложить писать слитно, руководствуясь общим правилом: сложные существительные с иноязычной первой частью, оканчивающейся на гласную и самостоятельно не употребляющейся (ведь баба здесь не то же самое, что русское слово баба), пишутся слитно, ср.: нотабене, сноуборд, сушеф и др.

Трудно дать однозначный ответ, не зная контекста. Если это прозвище доктора, которое функционирует как имя (в том числе, например, имя персонажа художественного произведения), правильно писать оба слова с прописных, например: «Вот и всё», — сказал Умелые Руки, закончив перевязку. Если же речь о том, что доктор умелец, корректно строчными, например: Василий у нас доктор «умелые руки», советую к нему обратиться. Ср. также: доктор у нас умелые руки.