Запятая между главной частью и придаточной, присоединяемой простым союзом или союзным словом, не ставится, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и: Отличия «формы» от «материи» приобретают важное значение и когда Аристотель объясняет процесс познания человеком предметов бытия.

В первом случае нет оснований для постановки запятой перед тире, отделяющим последнюю часть бессоюзного сложного предложения: Долгосрочные действуют несколько лет, точный срок зависит от цели пребывания — это может быть учёба, работа, лечение. Во втором и третьем случае запятые нужны, они закрывают обособленные обороты.

Да, эта конструкция обособляется, при этом слова а следовательно не отделяются от нее запятой (если вводное слово стоит в начале обособленного оборота, запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота; после вводного слова запятая не ставится): Главным потребителем продукции, а следовательно заказчиком, остается государство.

Кавычки нужны. Перед второй частью лучше поставить тире: Мистер Эн охотно отвечал на вопросы своих "друзей" — так он называл работников бюро.

Другой возможный вариант — заключить вторую часть предложения в скобки как вставную конструкцию: Мистер Эн охотно отвечал на вопросы своих "друзей" (так он называл работников бюро).

Пунктуация зависит от строения предложения. Предложение может быть простым с вводным словом казалось - тогда перед казалось нужна запятая.

Предложение может быть сложноподчиненным с первой частью И казалось - тогда запятая ставится только между частями предложения (как в указанном примере), а слово казалось выступает в роли сказуемого.

Эта ситуация не регламентирована. Руководствуясь правилом о возможной постановке тире после придаточной части перед главной, можно считать, что тире в данном случае выполняет двойную задачу — закрывает ряд однородных членов и отделяет главную часть от придаточной. Однако, полагаем, что возможна постановка запятой (как знака границы частей) и тире.

Обстоятельство с тех пор и дополнение у него относятся к обеим ситуациям: и к стало прихватывать сердце, и к начались гипертонические кризы. В подобных случаях запятая перед союзом и не нужна (см. пункт 1 параграфа 112  «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).

Фраза «дрожать от мышей» является неправильной, потому что глагол «дрожать» в русском языке употребляется с существительными, обозначающими эмоции или состояния, а не с существительными, обозначающими живых существ. Например: дрожать от страха, дрожать от страха перед мышами, дрожать от холода, дрожать от волнения. 

Точка после кавычек в данном случае не ставится (пример исправлен). Точка после кавычек не ставится, если перед закрывающими кавычками стоит многоточие, вопросительный или восклицательный знак, а заключенная в кавычки цитата (или прямая речь) является самостоятельным предложением. Правильно: Старый священник подошел ко мне с вопросом: «Прикажете начинать?»

Сказуемое не пропущено, оно выражено существительным исключение. Тире между подлежащим и сказуемым, которые выражены существительными в форме именительного падежа, обычно не ставится, если перед сказуемым стоит отрицание не: ...особенные малыши не исключение. Но если автор текста хочет логически и интонационно подчеркнуть сказуемое, он вправе поставить тире.