В приведенном Вами примере знаки препинания расставлены верно (за исключением того, что восклицательный знак следует поставить после кавычек), однако кавычки здесь нужны лишь потому, что в них заключено название упоминаемого проекта. 

Да, точка ставится после закрывающих кавычек, если перед ними она употреблена в качестве знака, обозначающего сокращение слова (см. параграф 66.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Нажмите кнопку «Выкл.».

Замечание редактора, на наш взгляд, необоснованно. Постскриптум – это приписка в письме после подписи (такое определение – в «Толковом словаре иноязычных слов» Л. П. Крысина). После постскриптума вторая подпись не ставится. Вот пример концовки письма, приведенный в пособии А. Акишиной, Н. Формановской «Этикет русского письма» (М.: Русский язык, 1986):

Целую.
Всегда твоя Валя
P.S.  Совсем забыла написать, что вчера встретила Олега. Он передавал тебе большой привет. Еще раз крепко целую.

А вот концовка письма А. П. Чехова М. М. Чехову от 25.08.1877 (Чехов А. П. Полное собрание сочинений и писем: В 30 т. Письма: В 12 т. / АН СССР. Ин-т мировой лит. им. А. М. Горького – М.: Наука, 1974–1983. Т. 1. Письма, 1875—1886. – М.: Наука, 1974. С. 26):

Кланяйся Грише и Лизе. (А если другая сестра в Москве, то и ей.) Прощай, будь здоров и богат, твой брат

А. Чехов.

Если будут деньги, то на Рождество увидимся.

В словах, образованных от основ, оканчивающихся на две одинаковые согласные, двойные согласные перед суффиксом сохраняются (кроме исключений вроде слова кристальный). Поэтому верно написание: капелльный.

Поскольку в предложении имеется обобщающее сочетание пара вопросов, каждый вопрос начинается со строчной буквы: Пара простых вопросов: сколько чистых палочек вам понадобится? сколько капель раствора понадобится при определении группы крови? при определении А(II) или В(III) группы? Если вы уверены в своих ответах, переходите к следующей главе.

При употреблении с родовым словом улица название не склоняется: на улице Девятая Рота.

В словаре А. А. Зализняка в разделе  "Сокращенная запись глагольной парадигмы и восстановление остальных форм по этой записи" указывается, что форма повелительного наклонения ед. ч. получается из формы 3 л. мн. ч. настоящего/будущего времени "заменой окончания -ут, -ют, -ят или -ат на -и (после согласной) и -й (после гласной)". Выбрав по индексу нужный образец спряжения, получаем: подым-ут – подым-и (глагол подъять); подним-ут – подним-и (глагол поднимать).

Глаголы имеют одинаковое значение, но глагол подъять не является стилистически нейтральным. Уже в словаре Ушакова, который отражает нормы русского литературного языка 40-х годов XX века, формы этого глагола имеют пометы устар. (устаревший), простореч. (просторечный). В "Большом толковом словаре русского языка" (под ред. С. А. Кузнецова) глагол подъять характеризуется как разг. (разговорный). В связи с этим употреблять этот глагол следует только в речевых ситуациях, допускающих использование стилистически окрашенной лексики. Тем не менее формы глагола подъять, в том числе формы повелительного наклонения, можно встретить в художественной литературе, где они вполне уместны.
Ну, прощай, Марфуша, подыми меня (Ф. Достоевский).

Я тебя выучу. Подыми перчатку, холуй! (А. Куприн).

Объяснение правильное. Союз и соединяет однородные сказуемые шли и качали (волны шли и качали камушки), поэтому запятая перед ним не ставится.

Эти правила таковы: согласованное определение стоит перед определяемым словом, несогласованное - после.

Если набережная действительно (в прямом смысле) является набережной, слово улица обычно избыточно.