Два нарицательных существительных, выражающих родовое и видовое понятия в классификации природных объектов, пишутся раздельно. Ср.: птица иволга, рыба треска, дерево ольха, цветок роза, минерал лазурит, металл литий.

В справочниках по правописанию рекомендуется отличать такие сочетания от сочетаний типа птица-носорог, рыба-попугай, в которых названием является сочетание целиком, поскольку носорог — не птица, а попугай — не рыба. Подобные составные наименования пишутся через дефис.

Сочетание лен-долгунец занимает промежуточное положение между приведенными группами. С одной стороны, компоненты находятся в родо-видовых отношениях, с другой — представляют собой устойчивое наименование. Слово долгунец редко употребляется как самостоятельное название льна в отличие от слова стерх, которое часто используется для называния журавлей. 

В словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011) слово комитет в подобных названиях рекомендовано писать с большой буквы, например: Комитет ООН по экономическим и финансовым вопросам.

Мы рекомендуем переформулировать вторую часть предложения, например: Данный свинокомплекс принадлежит к предприятиям I класса опасности, так как на нем единовременно содержится более 30 тысяч свиней, а I класс опасности присваивается уже при 12 тысячах.

Такая замена также ошибочна. Деепричастный оборот должен употребляться в сочетании с подлежащим-субъектом или глаголом, указывающим на действие субъекта: Подъезжая к станции, следите за шляпами. Проезжая мимо станции, я заметил, что с меня слетела шляпа.

На практике - именно так, хотя теоретически в обоих случаях можно использовать либо опустить предлог.

В таких случаях стандартный знак – запятая. При некоторых особых условиях может ставится тире (см. раздел о тире в сложноподчиненном предложении в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя).

Полагаем, можно подчеркнуть, указав над буквой я, что она обозначает два звука, подчеркнув дополнительно [й]. Хотя рассуждать можно и иначе: задание — подчеркнуть буквы, обозначающие мягкие согласные звуки, а не буквы обозначающие два звука. Что имели в виду составители задания, трудно разгадать. 

Глагол согласован со словом причины во мн. ч., это корректно.

Прилагательное согласуется также во мн. ч.: за последние полгода, последние четверть века.

Нам не удалось найти точного правила в справочниках, но в одном из примеров сложная вставка оформлялась именно так: слово после скобок — с маленькой буквы, начало второго предложения — с большой: Имея умысел на пакость (какая прелесть! Сорванец!), он долго думал, где взять кисть.