Ваши сомнения вполне оправданны, и вызваны они тем, что сочинительный союз и здесь неуместен. Между частями нужен противительный союз но: Переговоры шли непросто, но, хотя участникам встречи не удалось сблизить позиции, некоторый прогресс был достигнут.

Выражение в свою очередь обычно не выделяется запятыми, если употреблено в значении, близком к прямому ("когда наступит очередь": выступить в свою очередь), в значениях "со своей стороны", "так же как и другие" или в значении "в ответ".

Прежде чем – составной подчинительный союз. Запятая может быть поставлена перед союзом (перед словом «прежде») или между его частями (перед словом «чем»). Чаще союз не расчленяется, т. е. запятая ставится перед ним. Но окончательное решение – за автором текста.

В первом случае все равно что - сравнительный подчинительный союз, между его частями не ставится запятая; сравнение является частью грамматической основы простого предложения (сказуемым).

Во втором случае есть союз что, который соединяет части сложноподчиненного предложения, поэтому ставится запятая. 

Обе именных группы (настоящее парадное дерево, королева среди хвойных) имеют характеризующее значение с явным элементом образности. Между ними можно вставить союз и. А это означает, что перед нами два однородных сказуемых. Между определяемым словом и приложением союз вставить нельзя.

Запятая не нужна, потому что союз и соединяет две однородные придаточные части (подчинительный союз так как относится к той и к другой): Я считаю, что помогать ленивым не нужно, так как это их проблема и меня она не касается.

Запятая не ставится между частями сложносочиненного предложения с общей вопросительной интонацией, если между ними стоит одиночный сочинительный союз. В данном случае части соединены союзами ли… или, которые в данном случае рассматриваются как повторяющийся союз.

См. также в "Справочнике по пунктуации".

Знаки препинания расставлены верно. В предложении трижды употреблен союз и, но это не повторяющийся союз. Первый из них соединяет однородные сказуемые сморгнул и заметил, второй — однородные придаточные части, которые зависят от глагола заметил, третий соединяет однородные сказуемые капает и течет.