1. Во всех приведенных случаях возможно как слитное, так и раздельное написание согласно правилу правописания НЕ с краткими прилагательными. Предпочтительно раздельное написание, если сам пишущий подчеркивает отрицательный признак. См.  также в учебнике С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации».
2. Как правило, сложные союзы в начале предложения (для того чтобы, после того как) не разделяются запятой.

Слова инфекция и инфицировать пришли в русский язык в разное время и разными путями. Инфекция заимствовано во второй половине XIX в. из ученой латыни, где infectio — суф. производное от inficere «заражать». Инфекция буквально — «зараза». Глагол инфицировать пришел к нам через немецкий язык, буква «и» здесь соответствует немецкому: infizieren.

По правилам французско-русской практической транскрипции g здесь надо передавать как г, ou как у, ill между произносимыми гласными как й, r как р, d в конце слов не передается. Нет единства во взглядах на передачу a после ll, произносимого как [j]: одни справочники предлагают передавать его через а, другие через я. Получаем допустимые варианты Гуйар и Гуйяр.

Согласно «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка лосось — одушевленное существительное (во всех значениях). На практике наблюдаются некоторые колебания в тех случаях, когда лосось называет не живую рыбу, а пищу (т. е. в торговых, кулинарных и т. п. контекстах). Но всё же и в этом случае предпочтительно использовать это слово как одушевленное: купить лосося.

Обстоятельство иногда в принципе может быть отнесено как к обеим частям, соединенным союзом да (здесь он имеет значение «и»), так и только к первой из них. Впрочем, во втором случае логично было бы ожидать в начале второй части какое-либо другое обстоятельство, например: Иногда над головой пролетала с пугливым кряканьем утка, да постоянно слышно было, как...

Сочетания допустимы. При выборе примите во внимание их смысловые отличия. Сочетание с предлогом в способно актуализировать идею условий, в которых проводятся занятия (ср. аналогичные обороты: занятия в аудитории, в учебном классе, в лаборатории). Сочетание с предлогом по может подчеркивать инструментальное предназначение технических средств и компьютерных программ, используемых в условиях удаленного обучения (ср. выражения проводить занятия по видеосвязи, по телефону).