Грамматически оба варианта корректны, но определяемое слово стоит слишком далеко от причастия, и это затрудняет восприятие. Можно поставить скобки, тогда читателю будет проще понять мысль автора: ...а также с оживающими в середине фильма (чтобы в финале помереть снова, и на сей раз окончательно) вроде бы уже мёртвыми злодеями.

Фраза построена таким образом, что причастный оборот можно понять как обстоятельство причины ("поскольку место было защищено скалами, оно было далеко"). Хотя смысл основной части предложения такое обстоятельственное значение опровергает. Это значит, что предложение "неисправно" со стилистической точки зрения, нужно его перестроить: Это место, защищенное скалами, было далеко от маяка.

В общем случае такие слова пишутся строчными буквами - почетная грамота, благодарность, благодарственное письмо. При этом в отдельных документах встречается употребление прописной буквы.

В последнем предложении неудачно употреблено слово попадание. Более соответствующим содержанию будет слово погружение или словосочетание продолжительное погружение. 

Сочетание автомобильного бензина и дизельного топлива играет поясняющую роль при сочетании маржинальной продукции. Пояснительные конструкции выделяются парными знаками — тире или запятыми. Значит, в указанном месте нужно поставить второе тире.

Вы правы, необходимая по условиям контекста запятая переносится за закрывающую скобку. См. пункт 1 параграфа 158 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Лучше поставить тире на месте опущенного слова фабрик: В 2013 году в России работало 165 яичных фабрик и 149 – выпускающих мясо бройлера.

«Русским орфографическим словарем» РАН (4-е изд. М., 2012) установлено раздельное написание обоих сочетаний: линейно зависимый, линейно независимый. 

Проблема слитного, дефисного, раздельного написания сложных слов – одна из самых острых в современной орфографии. «Решение ее упирается в несовершенство действующих до сих пор "Правил русской орфографии и пунктуации" 1956 года, – пишет Б. З. Букчина в предисловии к словарю "Слитно? Раздельно? Через дефис?" (М., 2013). – Правила, регламентирующие этот раздел орфографии, были построены на ограниченном материале, на сравнительно небольшом количестве сложных слов. Вполне естественно, что более чем за полвека существования этих правил в их формулировках обнаружился ряд существенных пропусков и неточностей, появилось много новых слов и их типов, написание которых этими правилами не регламентировалось. Нечеткость формулировок правил вызывала разнобой в написании в разных словарях и даже в разных изданиях "Орфографического словаря русского языка" Института русского языка имени В. В. Виноградова РАН».

Сокращение, конечно, неудачное. Желательно заменить его на полное наименование. Но если такой возможности нет, то лучше использовать Ваш вариант.

В этом случае запятая нужна, так как придаточное состоит из нескольких слов, но обрывается.