Членом предложения является предложно-падежная форма целиком (в лесу), так что подчеркивать нужно и предлоги (хотя это и не принципиально). Возможно, учителя хотят подчеркнуть, что служебные части речи (предлоги) не являются членами предложения сами по себе. 

Правила русского языка такое употребление не регламентируют. Мы рекомендуем склонять подобные названия и писать их в кавычках: использование «SUPER Декодера».

В лингвистике нет (и не было) единой позиции по этому вопросу. Одни языковеды считают -ть суффиксом, другие – окончанием. В школьной практике -ть сейчас чаще выделяют как суффикс, но в некоторых школьных курсах -ть по-прежнему рассматривают как окончание.

В этом случае возможно двоякое толкование предложения. Здесь можно увидеть повторяющийся союз и, если автор хочет подчеркнуть  многосоставность действия: ...сделать выводы, а потом ещё и проверять, и применять на практике. Однако можно счесть, что глаголы проверять и применять на практике образуют тесно связанную по смыслу пару, обозначая единый этап в какой-либо программе действий; в этом случае второе и является одиночным союзом, а первое и — частью сочетания еще и, имеющего присоединительно-усилительное значение: ...сделать выводы, а потом ещё и проверять и применять на практике.

Мы согласны с Википедией:

При употреблении названия в русскоязычных текстах пока нет %28%D0%BB%D0%B8%D0%BD%D0%B3%D0%B2%D0%B8%D1%81%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0%29">устоявшегося перевода. Часто используют один из трёх вариантов:

• оригинальное написание латиницей;
• транскрипция «Биткойн», соответствующая правилам %D0%BF%D1%80%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B0%D1%8F%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D0%BA%D1%80%D0%B8%D0%BF%D1%86%D0%B8%D1%8F">англо-русской практической транскрипции, используемой для передачи английских собственных имён, а также других лексических единиц, непосредственно заимствуемых из английского языка (например, терминов), для которых не существует исторически сложившейся (традиционной) передачи на русский язык; применён в заявлении %D0%A0%D0%BE%D1%81%D1%81%D0%B8%D0%B8">Банка России;
• транслитерация «Биткоин», соответствующая правилам %D0%B0%D0%BB%D1%84%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D1%82%D0%B0%D0%BB%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BD%D0%B8%D1%86%D0%B5%D0%B9">транслитерации русского алфавита латиницей, применённым в обратном порядке; используется в русской локализации программы и на официальном сайте.

На выбор варианта управления влияет значение слова.

РУКОВОДСТВО, -а; ср.
1.
к Руководить (1 зн.). Взять на себя р. поисковыми работами. Доверить кому-л. р. институтом.
2.
То, чем руководствуются или следует руководствоваться. План - р. к действию. Ваши советы служат руководством на будущее.
3.
Учебник, пособие для изучения чего-л. Р. по машинному вязанию. Р. по электронике. Учебное, техническое р.
4. собир.
Руководители. Руководство Союза писателей. Художественное р. театра. Новое р. института. Отвечать перед руководством за что-л. < Под руководством кого-чего, в зн. предлога.
Под началом кого-л. Диссертация выполнена под руководством профессора Колесова. Программа осуществляется под руководством министерства.

Точный ответ на Ваш вопрос содержится в академической «Русской грамматике» (см. § 984): «Морф -жды выступает после гласных в наречиях, где основа мотивирующего слова выступает с наращением за счет финали, совпадающей с флексией им. п. числ.: дважды, трижды, четырежды».

Поскольку финаль, совпадающая с флексией (т. е. окончанием) именительного падежа, перед суффиксом — это то, что очень сложно объяснить в рамках школьной программы, любой школьный разбор этого слова по составу обречен быть неточным, и уже не так важно, как будет выделено это а — как часть корня, как отдельный суффикс или как окончание.

Вы правы: уколы и инъекции делают, а не ставят.  

Признаться, мы не видим особенного смысла в подобной лингвистической софистике. Вполне возможно, что для наименования «организации, занимающейся сбором, хранением и обработкой персональных данных пользователей» появится третий термин.

Сочетания допустимы. При выборе примите во внимание их смысловые отличия. Сочетание с предлогом в способно актуализировать идею условий, в которых проводятся занятия (ср. аналогичные обороты: занятия в аудитории, в учебном классе, в лаборатории). Сочетание с предлогом по может подчеркивать инструментальное предназначение технических средств и компьютерных программ, используемых в условиях удаленного обучения (ср. выражения проводить занятия по видеосвязи, по телефону).