Это зависит от выражаемого смысла и соответствующих интонационных различий.

1. Если смысл сводится к утверждению того, что некто не отсутствовал, а именно был (находился, присутствовал...) в известном месте, то интонационно выделяется глагол: Он БЫЛ здесь. Противоположным по смыслу к этому варианту будет предложение Он отсутствовал, Его здесь не было. В таком случае сказуемое простое глагольное — был. Здесь является в этом случае обстоятельством.
2. Если смысл сводится к информации о местонахождении кого-либо в известное время, то интонационно выделяется наречие: Он был ЗДЕСЬ. В настоящем времени это же предложение звучит как Он здесь. Отрицанием этого варианта будет предложение Он был не здесь (а за углом). Эту конструкцию использует, кстати, персонаж Н. Михалкова в фильме «Вокзал для двоих»: — Меня ищешь? А я вооон там! В этом случае сказуемое составное именное: был — формальная связка, здесь — именной компонент.

Полагаем, что действует то же правило, то есть следует писать прописное С: ...Стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая.

Что касается выбора варианта, вопрос не очень понятен, так как надо  представлять себе, что это за учебное пособие, как оформлены другие материалы. Мы бы, наверное, выбрали такой вариант: «Я здесь стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая». Особые правила цитирования стихотворных текстов нам неизвестны (кроме того, что эти тексты можно набирать в подбор, показывая разбиение на строки косой чертой). Точность цитат одинакова для всех изданий (если только это не намеренное искажение текста или автор не хочет подчеркнуть, что он или его персонаж вспоминает цитату: «Что-то там, тати-тата…»). Единственное, что в обучающих изданиях, где цитат очень много, они, полагаем, не всегда нуждаются во внутритекстовых или постраничных ссылках на источник, но библиографический список в конце нужен, хотя бы потому, что, прочитав цитату, скажем, из Пушкина, читатель может удивиться, не найдя приведенные строки в своем издании, поскольку текст цитировался по другому собранию сочинений.

Если это сочетание осмысляется именно как имя персонажа, а не как описательный оборот, то возможны два варианта: Крысиный король и Крысиный Король. Ср.: Маленький принц, Зеленый рыцарь и Прекрасная Дама, Белый Кролик. Выбор за автором. 

Правильно: Санчо Панса. Склоняется только часть Панса: без Санчо Пансы.

Можно написать А. П. или А-Пэ.

Запятая возможна. Она показывает, что оборот за цеу является присоединительной конструкцией, т. е. произносится после паузы.

Следует ориентироваться на рекомендацию орфографического словаря: Баба-яга.

Глагол посмотреть в одном из переносных значений может употребляться в качестве синонима глагола оценить. Соответственно, использование этого глагола в таком значении незрячим персонажем допустимо, хотя может породить дополнительный комический эффект.

Мы уже отвечали на этот вопрос. См. 272741

Запрета на использование цифр в художественном тексте нет. В Вашем случае лучше использовать вариант В2222В.