Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.

Языковое чутье Вас не подвело. В «Толковом словаре русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой слово к примеру сопровождается пометой разг. – разговорное. В официальном тексте оно не к месту, следует использовать стилистически нейтральное например.

Корректно без запятых.

Деепричастие ждя существует, но употребляется несвободно (например, у Маяковского есть рифма ждя – вождя). Иными словами, эта форма грамматически верна, но при употреблении наталкивается на некоторое сопротивление в языковом ощущении говорящих и пишущих. На практике используется форма деепричастия глагола ожидать – ожидая.

Склонение обязательно. Есть четкая грамматическая норма (зафиксированная в любом нормативном лингвистическом издании, где есть раздел о склонении собственных имен): мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, склоняются (кроме фамилий на -ых, -их типа Черных, Долгих), женские – нет. Языковое происхождение фамилии при этом не имеет значения.

Такая формулировка вопроса некорректна, т. к. склонение фамилии зависит в первую очередь от того, мужская она или женская, на какой звук (согласный или гласный) оканчивается. Языковое происхождение фамилии во многих случаях значения не имеет. Если Вы спрашиваете о фамилиях, оканчивающихся на -о (Ищенко, Короленко), то такие фамилии не склоняются (ни мужские, ни женские).

Пожалуйста, прочитайте статью внимательнее: «...Среди носителей языка распространено немало заблуждений относительно правил склонения фамилий. Вот главные из них: решающим фактором является языковое происхождение фамилии («не склоняются фамилии грузинские, армянские, польские и т. д.»); во всех случаях склонение фамилии зависит от пола носителя; фамилии, совпадающие с нарицательными существительными (Гроза, Жук, Палка), не склоняются. Немалое число носителей языка убеждены, что правил склонения фамилий так много, что запомнить их не представляется возможным».

Правильно со строчной (маленькой) буквы.