Общее правило, по которому запятая в сложносочиненном предложении ставится перед союзом и во всех случаях, кроме особо оговоренных, содержится и в «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года (§ 137), и в справочнике Розенталя (§ 104), и в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под редакцией В. В. Лопатина (§ 112).

1. Определения, характеризующие предмет с разных сторон, однородны, если в условиях контекста объединяются каким-либо общим признаком, например сходством производимого ими впечатления.

2. Оборот с союзом то есть выделяется запятыми с двух сторон. Ироничность самопоправки можно выразить с помощью других знаков, например: Он сам ненамеренно — то есть намеренно — сделал всё, чтобы она думала о нём именно так!

В целом согласны с Вами. Слово традиционный толкуется через отнесение к традиции. Традиция связана с обычаями людей, общества, но не природы, поэтому некорректны фразы: В октябре традиционно выпал снег; Это традиционное для лесов Амазонии животное. Однако фраза Это традиционное для русского крестьянства животное небезупречна, лучше так: Это традиционное для русского крестьянского хозяйства животное. При этом сочетание нетрадиционная сексуальная ориентация, уже закрепившееся в языке, не воспринимается как ошибочное. Прилагательное нетрадиционный допустимо в нем, потому что возможно восприятие названного явления как проблемы культуры.

О фонетических причинах перехода ударения написано в нашем ответе, который Вы процитировали. Фонетические законы очень сильные, иногда они вступают в противоречие с нефонетической логикой. 

Вы совершенно правы, обратив внимание на устаревшую рекомендацию 2007 года: с точки зрения орфографических норм и тенденции в их развитии следует рекомендовать дефисное написание со строчной буквы (том-ям).

Следует обратиться за разъяснениями к составителям документа.

Слова онлайн и заявка не антонимичны (не обладают противоположным смыслом, как Вы об этом пишете). Как неизменяемое определение онлайн присоединяется дефисом к последующему существительному.

1. Вы правы, здесь правильно слитное написание чтобы (союз чтобы, в отличие от сочетания местоимения что с частицей бы, можно заменить другим союзом – для того чтобы).

2. Приписывается ли слову особый высокий смысл, решает только автор текста. Ошибкой написание слова родина строчными не является.

3. Употребление местоимения вы вместо ты при обращении к одному лицу само по себе уже представляет проявление уважительного отношения к этому лицу. Окончательное решение о написании Вы с прописной (для подчеркивания этого уважительного отношения) принимает автор текста. Ошибкой вы со строчной тоже не является.

4. Оформление Ура Ура Ура! некорректно. Возможные варианты: Ура! Ура! Ура! или Ура, ура, ура!

5. Запятая после слова вопроса поставлена правильно (между главным и придаточным предложением в составе сложноподчиненного).

Кроме того, очевидна опечатка в слове усилия (должно быть: вы приложили все усилия). Плохо: вина перед моральной стороной вопроса, нужно было выразить мысль по-другому.