Трудно сказать, насколько редакции необходим синтаксический справочник. Минимальный набор для повседневной работы: Русский орфографический словарь РАН, словарь-справочник "Грамматическая правильность русской речи", Справочник издателя и автора А. Э. Мильчина, Толковый словарь русского языка С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой, Правила русской орфографии и пунктуации: Полный академический справочник. Специализированных словарей сочетаемости сегодня не много, можем рекомендовать словарь под ред. проф. В. В. Морковкина.

В данном случае пунктуация вариативна. Автор может сделать акцент на сочетании как птица, в этом случае синонимичном наречию по-птичьи (см. пункт г) параграфа 90 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина), а может поставить на первый план призыв летать (сравним вариант с парцелляцией: Летай! Как птица!), и тогда сочетание как птица окажется обычным сравнительным оборотом, обозначающим уподобление.

Для вводных слов, стоящих в начале или в конце обособленного оборота, действительно есть особое правило. Оно изложено в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). По этому правилу знаки препинания в предложении должны быть расставлены так, как в материалах, на которые Вы ссылаетесь: Посреди поляны росло большое дерево, судя по всему вяз. 

1. 5%-ной настойкой йода, 2%-ным раствором бриллиантового зеленого... 

2. Вакцинация позволяет в 100 % случаев предупредить смертельный исход, в 80–90 % – предупредить развитие болезни... Буквенное наращение не нужно, отбивка нужна.

3. Фиксированно-стабилизированное положение. 

4. Просунуть под мышками.

5. Полусидячее положение.

6. Наложить повязку, при кровохарканье (но при кровохаркании) – холод на область шеи...

7. Не ослаблять внимания. 

Удалить в значении 'устранить что-л. оперативным путём; вырезать' – слово, характерное для медицинской речи. С ним такое неточное, разговорное употребление вряд ли возможно, поэтому корректно: удалить опухоль. 

Слово рак вместо опухоль может использоваться в разговорной речи, но с другими глаголами, в первую очередь –  вырезать.  Ср.: Месяца два назад у его сестры вырезали рак, и теперь все ждали возврата болезни (А. Чехов, Три года).

В перечислительном ряду два признака утверждаются, а два отрицаются. Для выражения отрицания нужно использовать частицу не. Повторяющаяся частица ни усиливает отрицание (которое обычно передается сказуемым с не или словом нет) и образует союз, соединяющий все члены перечислительного ряда. Значения повторяющейся частицы ни, используемой в качестве союза, и примеры можно посмотреть в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова.

Порядок слов в названиях улиц, переулков и под. может варьироваться в некотрых пределах. В тексте следует соблюдать прямой порядок: 1-й переулок Пушкина или Первый переулок Пушкина. В списке (например, в словаре, реестре, то есть там, где предполагается поиск по алфавиту) на первое место выносится основной компонент названия: Пушкина 1-й переулок. Образцовый словарный порядок можно найти в «Словаре улиц Москвы». 

В «Тезаурусе русских идиом» под ред. А. Н. Баранова и Д. О. Добровольского (М., 2018) приводятся выражения всё что угодно, всё что душе угодно, всё что душа пожелает со значениями 'все разновидности'  и 'всё, что можно пожелать' (с. 91). Если те же значения имеет выражение всё что хочешь, то оно является также цельным по смыслу.

Аббревиатура НАТО используется как существительное мужского рода (в результате влияния сочетаний со словами альянс, блок, договор), женского рода (по опорному слову организация) и среднего рода (по фонетическому облику, ср. с другими словами на -О: пальто, метро, кино). Испытывает колебания в роде аббревиатура ЮНЕСКО (фонетический облик подсказывает средний род, а опорное слово организация – женский). АСЕАН используется как существительное женского рода (опорное слово ассоциация).