Видимо, Вы правы: другой пример на ум не приходит.

Корректно: Ходатайствую о присвоении в соответствии с замещаемой должностью классного чина — государственный советник города Москвы 3 класса.

См. ГОСТ Р 6.30-2003: «Если письмо имеет приложение, не названное в тексте, то указывают его наименование, число листов и число экземпляров; при наличии нескольких приложений их нумеруют, например: Приложение: 1. Положение об Управлении регионального кредитования на 5 л. в 1 экз. 2. Правила подготовки и оформления документов Управления регионального кредитования на 7 л. в 2 экз.».

Это конструкции, эквивалентные сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, свойственные разговорной речи. При отсутствии интонационного отделения запятая в них не ставится, как в примерах: Найдите мне кто вяжет; Пускай кто остаётся работает (см. пункт 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Приведенные Вами предложения прочитываются без паузы, а потому запятую ставить не нужно: Доставлю как скажешь, Доставлю когда скажешь и т. д. Но сравним: Доставлю так, как скажешь, Доставлю тогда, когда скажешь и т. д. — с соотносительным словом запятая нужна.

Корректно со скобками: Просьба изготовить 3 грамоты для Представительства в Калмыкии (Элиста) по следующим образцам.

Предпочтителен последний вариант: доцент учреждения здравоохранения «Городская клиническая больница № 6».

Постановка знаков препинания в предложении корректна. Ср. примечание к параграфу 42.3 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя:

Сравнительный оборот союзом как, находящийся в середине предложения, отделяется запятой, если нужно показать, к какой части предложения он относится: Я почувствовал на моих волосах прикосновение слабой, как лист дрожавшей руки (Т.) — не «слабой, как лист», а «дрожавшей, как лист»; Я мчался на лихом коне, как ветер волен и один — не «мчался, как ветер», а «волен и один, как ветер»...

В этом случае на шаге подобно на этапе. Рекомендуем вариант на шаге.

Правильно: ...помогли примерно трем тысячам граждан.

Использование знаков препинания в различных сферах письменного общения имеет характерные черты, в руководствах по пунктуации детально не описанные. В частности, отмечается, что «особенностью употребления скобок в деловых текстах является их частое использование в разделительной функции (в значении союза или)» (Руднев Д. В., Друговейко-Должанская С. В. Распределение знаков препинания в современной деловой письменности // Язык и метод. Русский язык в лингвистических исследованиях XXI века. Т. 7. Краков, 2021. С. 79). Такое употребление наблюдаем и в обсуждаемом фрагменте. Ошибкой это считать нельзя.