Триста двадцать одна целая две десятых; сто двадцать пять целых пятьсот восемьдесят девять тысячных; восемьсот семьдесят девять целых две тысячи триста пятьдесят четыре десятитысячных.

Корректно именно так: Какие нужно поставить знаки препинания в предложении: «Поэтому как и вчера — две тысячи рублей»? Просим прояснить вторую часть вопроса.

Да, всё верно.

Правильно, например: три яблока, три целых две десятых яблока, три целых две десятых тысячи яблок; пять яблок, пять целых семь десятых яблока, пять целых семь десятых миллиона яблок.

Можно сказать, что сотрудники допускают очень распространенную речевую ошибку. Правильное употребление числительных – одна из самых сложных областей русской грамматики. Необходимо запомнить: в составных порядковых числительных (две тысячи пятый) склоняется только последнее слово.

В классическом "Справочнике издателя и автора" А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой подробно описаны факторы выбора цифровой или словесной формы числительных. 

При выборе учитывают следующее:

1. В цифровой форме число заметнее. По наблюдениям психологов, «первоклассники не замечают в условии задачи арифметическое данное, если оно обозначено словесно, а не в виде цифры, к чему они привыкли» (Богоявленский Д. Н. Психология усвоения знаний в школе / Д. Н. Богоявленский, Н. А. Менчинская. М., 1959. С. 169).

2. В цифровой форме дву- и многозначные числа схватываются читателем намного быстрее. Они, по-видимому, не прочитываются, не переводятся мысленно в словесную форму, а именно схватываются взглядом, что упрощает и ускоряет восприятие текста.

3. Однозначные числа в косвенных падежах в цифровой форме несколько усложняют чтение. Скорее всего, потому, что все же прочитываются в именительном падеже (после 4 заседаний — «после четыре заседаний»). Но потребность согласовать с падежом существительного вынуждает вернуться к числительному и прочитать его правильно: четырех заседаний. На это уходит время, а при словесной форме числительное сразу читается правильно.

Кроме того, имеет значение и стилистическая принадлежность текста.  Так, в документах делового характера (к которым относится и автобиография) для многозначных чисел предпочтительной в подавляющем большинстве случаев является цифровая форма, поскольку она лучше, чем словесная форма, воспринимается читателями, более заметна, лучше запоминается.

Однако выбор словесной формы в Вашем тексте нельзя считать однозначно ошибочным. 

Корректное прочтение фразы: проживание более чем в восьми тысячах пятистах отелях (с существительным отель сочетается количественное числительное пятьсот — последняя часть составного числительного). То же и с цифровой записью: проживание более чем в 8500 отелях.

Вы написали верно: В первой половине 1980-х годов экономический эффект от более чем 1000 [тысячи] научных проектов составил 97 миллионов рублей. Мы не уверены, что экономический эффект исчисляется в суммах, но это уже вопрос не к лингвистам, а к экономистам. 

Верно: 50 000 швейцарцев запретили. Обратите внимание, что при такой форме записи читатель может подумать, что числительное стоит в именительном, а не дательном падеже и 50 000 швейцарцев является подлежащим, а не дополнением. Поэтому рекомендуем перестроить предложение или написать: 50 тысячам швейцарцев запретили...