Корректно: Что такое фосфор и каковы его свойства?
Верно: Гагарин, с его лучезарной улыбкой, вошёл в историю как первый человек, побывавший в космосе (несогласованное определение, относящееся к имени собственному, обособляется; союз как имеет значение «в качестве»).
Порядок, в котором перечисляются падежи, определяется двумя факторами: 1) отношениями между падежами; 2) традицией.
Что касается отношений, то имеется в виду противопоставление прямого падежа — именительного — всем остальным, косвенным. В старину, когда в русском языке еще был жив звательный падеж, его также считали прямым («правым»).
Прямой падеж как бы возглавляет систему падежей, поэтому именительный занимает в перечне первое место.
Традиция же определяет порядок перечисления остальных — косвенных падежей. Какой-то особый «лингвистический» порядок нам неизвестен. Именно по традиции после именительного следуют родительный, дательный и т. д. Причем традиция эта характерна не только для русского языка. Падежи в немецком языке, где их 4, перечисляют в таком же порядке: номинатив — генитив — датив — аккузатив. Эта традиция, в свою очередь, восходит к традиции перечисления падежей в латыни, где не было того, что мы называем предложным падежом, зато был звательный падеж: именительный (nominatīvus), родительный (genetīvus), дательный (datīvus), винительный (accusatīvus), творительный (ablatīvus), звательный (vocativus).
В «Грамматике словенской» Лаврентия Зизания (1596) падежи перечисляются в следующем порядке: «Именовный, Родный, Дателный, Творителный, Винителный и Звателный» (6 падежей). В труде «Грамматики славенския правилное синтагма» Мелетия Смотрицкого (1619) — в следующем порядке: «Именителный, Родителный, Дателный, Винителный, Звателный, Творителный, Сказателный» (7 падежей). Как видим, хотя по времени создания эти труды очень близки, они различаются и набором падежей, и их наименованиями, и порядком их перечисления. У Зизания нет предложного (или местного) падежа — у Смотрицкого он есть («Сказателный»). У Зизания звательный падеж занимает в перечне последнее место, у Смотрицкого он следует за винительным. Эти колебания отражают постепенное становление традиции в применении ее к грамматике русского («славенского») языка. Впоследствии эти колебания сошли на нет, звательный падеж, если он указывался, занимал в перечне последнее место.
Реально существующая падежная система русского языка, безусловно, значительно сложнее, чем та, которую изучают в школе. Например, выделяются «второй родительный падеж» — партитивный (со значением части: выпей чаю), «второй предложный падеж» — локативный (со значением места: о лесе, но в лесу; о мосте, но на мосту). (Перечень неполный.)
В лингвистике существует также понятие глубинного падежа, или семантической роли. Но это к морфологической системе падежей имеет довольно косвенное отношение, а терминологически с нею никак не совпадает, поэтому здесь об этом говорить не будем.
При желании можно обратиться к прекрасной статье о падеже Г. И. Кустовой.
В этих предложениях ошибок нет.
Нормативными словарями существительное ма́стерство в значении "процесс передачи знаний и опыта, деятельность мастера" не зафиксировано, так что его можно считать окказионализмом. Если слово приживется в языке, то оно, по всей видимости, будет отличаться местом ударения от привычного мастерство́.
Теоретически здесь возможны варианты в зависимости от смысла. Определение самые замечательные может быть отделено от определения остальные и тем самым пояснять его, если автор имеет в виду, что сегодня были сказаны не самые замечательные слова (Все остальные, самые замечательные слова в ваш адрес скажем завтра), но этот смысл представляется странным. Гораздо уместнее будет, сообщая, что завтра будут сказаны самые замечательные слова, подразумевать, что сегодня тоже были сказаны такие слова, и не поставить никаких знаков препинания в этом предложении.
В значении "тошнить" глагол рвать употребляется только как безличный: К вечеру больному стало совсем плохо, его постоянно рвало.
Корректно: морская собачка-павлин, морской собачки-павлина, морской собачке-павлину, морскую собачку-павлина, морской собачкой-павлином, о морской собачке-павлине.
По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.
По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.
По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.
В этом предложении имеется несколько ошибок (в порядке слов, выборе лексики, грамматичсеких формах). Корректно: Хотя Достоевский и притягивает рассказчицу своим творчеством, но особое влияние на ее выбор оказывают его болезнь и его внешность.