Сочетания со словом как не являются приложениями. Приложения — это согласованные определения, выраженные именем существительным (нераспространенное приложение) или именем существительным с зависимыми словами (распространенное приложение). Обороты со словом как выполняют в предложении роль обстоятельства или являются частью сказуемого. Пунктуация в этом случае подчиняется правилам, о которых Вы пишете (оборот обособляется, если имеет значение причинности, и не обособляется при значении 'в качестве'), но речь идет не о приложениях.

В словарях и справочниках форма дательного и предложного падежа имени Лия представлена вариантом Лии. Но в своде «Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник» РАН (под ред. В. В. Лопатина. М., 2006) рекомендация по написанию безударных окончаний существительных с основой, состоящей из одного слога, на -ий и -ия (Лия, кий, Бия и под.) была изменена. В соответствии с изложенным в своде правилом верен вариант Лие.

Корректно: От вопроса ефрейтора Бянкина Саня сморщился, словно он проглотил горсть клюквы, и стал доказывать, что он(,) как командир(,) ничего для них не жалел и не пожалеет, и что скоро вместе в бой пойдут, и что сердиться на него совершенно глупо, так как экипаж — одна семья.

Возможность выделения запятыми оборота как командир зависит от более широкого контекста: запятые нужны, если оборот имеет дополнительное обстоятельственное значение 'будучи командиром'.

Слова-исключения (если Вы имеете в виду орфографическую или грамматическую норму) существуют не для чего, а почему. Например, в написаниях деревянный, оловянный, стеклянный удвоенная н сохраняется потому, что в этих прилагательных присутствует долгий согласный (в отличие от, например, глиняный или платяной), формы с наращением -ен- (времена от время, семена от семя и т. п.) возникли еще в те давние времена, когда существительные на -мя принадлежали к особому типу склонения, и т. п.

Слово бой в значениях ‘сражение’, ‘напряженная борьба’, ‘поединок боксеров’ в предложном падеже с местным значением имеет форму в бою. При объектном значении падежа рекомендуется форма в бое: нуждаться в бое (см. Еськова Н. А. Краткий словарь трудностей русского языка. Грамматические формы. Ударение. М., 1999. С. 37). В значении ‘однородные звуки’ (бой часов и т. п.) слово бой образует форму предложного падежа в бое.

Если какая-то часть составного наименования употребляется как самостоятельное слово с другим значением, это вовсе не является препятствием для ее склонения. Если мы говорим о наименованиях животных, насекомых, птиц, растений, то в этих наименованиях последовательно склоняются обе части, и бывают не только рыбы-молоты, но и рыбы-попугаи, журавли-монахи, жуки-олени и т. д.

1. Оба варианта верны: в отношении его и в отношении него. Выбираете Вы.

2. Не видим подчеркнутых вариантов.

Выбор падежного окончания зависит от того, к чему относится слово отправка:

а) распоряжение об изготовлении заготовок и (об) отправке их в Москву (в распоряжении говорится, что заготовки должны быть изготовлены и отправлены в Москву);

б) распоряжение об изготовлении заготовок без упаковки и (без) отправки их в Москву (заготовки должны быть изготовлены, но не упакованы и не отправлены в Москву).

В официальных документах, включая заголовки приказов, рекомендуется при наименовании профессий, должностей и т. п. использовать существительные мужского рода, независимо от пола называемого лица. Корректно: Направить обучающегося Иванову Ольгу Петровну, О направлении на практику обучающегося. 

Здесь Вы найдете развернутый ответ.