Допустимы оба варианта: сегод-ня и сего-дня.

Путь был невелик: от дома до школы всего два километра.
По цели высказывания: повествовательное.
По интонации: невосклицательное.
По количеству грамматических основ: сложное, бессоюзное.
По наличию одного или обоих главных членов: двусоставное. Подлежащее
— путь. Сказуемое — был невелик, составное именное (СИС).
По наличию пропущенных членов: полное.
По наличию осложняющих членов: неосложненное.
По наличию одного или обоих главных членов: односоставное, назывное, с
главным членом ― подлежащим. Главный член выражен фразеологически
свободным, но синтаксически связанным словосочетанием, включающим в
свой состав количественное числительное и существительное в род. падеже:
два километра.
Комментарий: главный член односоставного предложения независим,
поэтому некорректно характеризовать его как сказуемое или подлежащее.
Однако в школьной практике сохраняется традиционная классификация
односоставных предложений: с главным членом — сказуемым и с главным
членом — подлежащим.
По наличию пропущенных членов: полное.
 

Да, это слово с недавнего времени используется в русском языке (без каких-либо пояснительных слов) как формула прощания. О ее происхождении пишет известный лингвист М. А. Кронгауз в книге «Русский язык на грани нервного срыва»: Под влиянием английского языка в русском появилось еще несколько вежливых формул. Наиболее прижилось, пожалуй, прощание «увидимся!». Многие вообще считают его исконно русским. Однако это не так. В русском такое слово, конечно, существовало, но оно никогда не завершало беседу. В отличие от английского «see you!», калькой которого оно является.

Ошибок нет, запятые ставить не нужно.

Слова федеральное учреждение нужно писать строчными буквами.

Обособление факультативно.

В соответствующей статье «Справочника по пунктуации» мы отмечаем, что в ряде словарей русского языка слово «наверняка» рассматривается как вводное в значении «конечно, разумеется»: Он, наверняка, опоздает. Однако примеры из художественной литературы показывают, что слово «наверняка» и в этом значении не выделяется знаками препинания.

В первом случае запятая факультативна.

Во втором случае для постановки запятой нет оснований.

Деепричастный оборот следует заменить придаточным предложением: ...но у организации отсутствует возможность реализации своего права ответить (возразить) на предостережение, так как суть предостережения не понятна (не ясна).

Такого указания в справочниках нет — см. параграф 11 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя или параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Как указано в этих источниках, наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения, поэтому между сочетаниями кандидат сельскохозяйственных наук и доцент нужно поставить запятую, тогда как остальные приложения не однородны: заведующий отделом ведущий научный сотрудник кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Иван Иванович Иванов. Такая последовательность из четырех приложений, из которых четвертое отделено от третьего запятой, а первые не отделены друг от друга, неудобна для восприятия. Если контекст позволит, предлагаем поставить часть из этих приложений после определяемого слова; такие приложения разделяются запятыми: Заведующий отделом Иван Иванович Иванов, ведущий научный сотрудник, кандидат сельскохозяйственных наук, доцент, рассказал об исследовании. См. также ответ на вопрос 310613.