Дефис не нужен: минус второй этаж.
Строго говоря, мина — это выражение лица, и сочетание мина на лице избыточно. Однако на практике такое употребление закрепилось и вошло в словари. Оба предложения следует считать корректными.
Стоянка поезда – одна минута. Согласно протоколу, решению, расписанию.
Верная пунктуация: Это скорее минус, чем плюс. С точки зрения удобства скорее минусом, чем плюсом, будет наличие новой мебели.
Возможно: ...указал на отрицательные стороны. Синтаксически верно: не только отметил... но и указал...
Представляется более правильной формулировка, приведенная в словаре Ожегова: «минуя кого-что, в знач. предлога с вин. п. Исключая кого-что-н., не прибегая к кому-чему-н., не касаясь кого-чего-н. Действовать минуя руководителя» (см., например, 22-е издание словаря, М., 1990). Правда, есть издания, где слово минуя, как и в справочнике, о котором Вы говорите, напрямую записано в предлоги, например «Словарь наречий и служебных слов русского языка» В. В. Бурцевой (М., 2005). В этом словаре к предлогу минуя даны два примера: Договорился о поставках минуя начальство. Минуя огромное здание, подошли к маленькому домику. Но если с первым примером еще можно согласиться, то именование слова минуя предлогом во втором примере, на наш взгляд, авторская фантазия, здесь обычный деепричастный оборот.
Таким образом, мы бы сказали, что слово минуя может употребляться в значении предлога в некоторых (немногих) контекстах. Обращает на себя внимание, что из словаря в словарь кочует, в общем-то, один и тот же пример (с незначительными вариациями).
Оба варианта возможны.
