Корректно: Единственное, чего мы не нашли, – это хороший кофе. Подлежащее и сказуемое (единственное и кофе) стоят в форме именительного падежа. Ср.: Чего мы не нашли – так это хорошего кофе.
Если определение относится к обоим существительным, то сочетание будет восприниматься однозначно с определением в форме множественного числа.
Выражение могло возникнуть на базе фольклорных песен. По образности это экспрессивное преуменьшение, основанное на невозможности кошачьего «плача». Коты не проливают слез, да еще в таком количестве, которое можно было бы измерить, отсюда значение фразеологизма: 'очень мало, крайне недостаточно'.
1. См. «Горячие вопросы».
2. Слово дитя среднего рода. См. словарную фиксацию.
Это существительное мужского рода, в разговорной речи допускается согласование по среднему роду.
Слово в ближайшее время будет зафиксировано в академическом орфографическом словаре с рекомендацией писать через дефис: тайм-код.
