Знаки препинания расставлены верно.
В этом предложении запятые не требуются.
Интересующая Вас проблема решаема. В научном учреждении, которое обладает правом на экспертную деятельность, можно получить официальную справку о том, что отчество Никитович является вариантом (пусть и ошибочным с точки зрения грамматической нормы) отчества Никитич. О возможности изменения документов мы, увы, не знаем.
Оба варианта корректны.
Не зная контекста, дать однозначный ответ затруднительно. В целом более логичным представляется вариант «формировать отчеты по запросу»: статус прямого дополнения, безусловно, выше. Однако если, например, перечисляются должностные обязанности сотрудника, в которые входит формирование разных документов как по распоряжению начальства, так и по запросам от разных инстанций, причем в случае запроса из некой другой инстанции формируются такие документы, которые во внутреннем документообороте учреждения не используются, то вполне осмысленным может оказаться вариант, скажем, «формировать по запросу Министерства руководящих указаний отчеты о количестве перебитых стаканов» и т. п.
Вторая запятая в предложении не требуется.
В русском языке названия произведений, документов и других объектов, записанных на латинице, обычно не выделяют кавычками, так как латиница сама по себе служит достаточно сильным средством выделения. Однако в этом "обычно" и кроется то обстоятельство, что запрета на выделение кавычками таких наименований нет.
В обоих случаях содержание вопроса (вопросов) представлено в придаточном изъяснительном предложении, связанном с главной частью союзом-частицей ли. Такой вопрос называется косвенным и не требует вопросительных знаков в конце предложения. Косвенные вопросы могут быть связаны с главной частью не только союзом-частицей ли, но и союзным словом, сравним: Остаётся непонятным, как это случилось; Возникает вопрос, кто это сделал.
Отметим, однако, что примеры всё же несколько разные. Во втором из них вопрос всего один и придаточное зависит от сказуемого остается непонятным, так что допускается только один вариант оформления — тот, который приведен в ответе.
В первом же примере вопросы относительно самостоятельны и им предшествует обобщающее слово следующие (сравним вариант без этого слова и с более тесной связью между придаточными: ...возникают вопросы, допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда и не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда), поэтому, кроме приведенного в ответе варианта, возможно и оформление прямых (уже не косвенных) вопросов в виде нумерованного списка:
...возникают следующие вопросы:
1. Допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда?
2. Не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда?
Это очень непростой вопрос. Лингвисты, разумеется, кодифицируют ту или иную норму с опорой не только на действующие правила и языковые тенденции, но и на практику письма. Однако первична всё же теория, а не практика, если говорить коротко. Вот яркий пример — кодификация вариантов параолимпийский и паралимпийский в академическом орфографическом словаре:
параолимпи́йский и (офиц.) паралимпи́йский [изменено, ср. РОС 2012: параолимпи́йский]
паралимпи́йский (офиц.) и параолимпи́йский [добавление 2018].
Если обьяснять подробно, то ситуация такова: с точки зрения орфографических норм правильно только написание параолимпийский; однако официальные документы эту норму игнорируют, используя неверное написание паралимпийский, поэтому его тоже приходится фиксировать в словаре, но с пометой офиц.
На данный момент в России нет конкретных нормативных документов или распоряжений, которые бы формально требовали полностью исключать использование англицизмов в наименованиях документов, распоряжений или стандартов предприятий. Однако существует закон "О государственном языке Российской Федерации", который регулирует использование русского языка как государственного. Прямых запретов на использование иностранных слов в документах там нет, но подразумевается, что официальные документы должны быть понятны носителям русского языка. См. также ст. 6: "При использовании русского языка как государственного языка Российской Федерации не допускается употребление слов и выражений, не соответствующих нормам современного русского литературного языка (в том числе нецензурной брани), за исключением иностранных слов, которые не имеют общеупотребительных аналогов в русском языке и перечень которых содержится в нормативных словарях, предусмотренных частью 3 настоящей статьи".
