Указанная запятая не требуется.

Вы правы в том, что кавычки употреблены неудачно. Если их и ставить, то закрыть нужно после фамилии. Однако при употреблении названия не в юридических документах в форме школа № 2129 имени Героя Советского Союза П.И. Романова кавычки не нужны вообще. 

Ответ департамента образования тоже верен: нормы употребления кавычек не устанавливаются законодательно. Как записали название в уставе, так и будет оно воспроизводиться во всех документах. Чтобы изменить название, нужно произвести сложные юридические действия, на это нужна добрая воля руководителя организации и его руководства. Изменение даже только кавычек в названии влечет за собой множество юридических проблем, поэтому обычно названия сохраняют в том виде, в котором они уже закреплены.

Запрета на такое использование квадратных скобок нет. Квадратные скобки используются в специальных текстах, например:
1) для обозначения фонетической транскрипции;
2) для объяснения этимологии слова;
3) при цитировании: для расшифровки сокращений или внесения в текст мелких примечаний, например: Он [Платон Каратаев] сам не знал и не мог определить, сколько ему лет (Л. Толстой);
4) для указания на источник цитирования, например: Типографское назначение пунктуации состоит в «расчленении целого текста на части с тем, чтобы представить текст не как аморфную массу символов, а в виде единиц, быстро и четко различаемых глазом» [Веденина Л. Г., 1975, 156] (Н. Шубина);
5) для того, чтобы избежать употребления двойных скобок одного рисунка, например: добавка «Кола» [краситель «Карамель» (Е150)].

Это происходит потому, что правила склонения фамилий – один из наиболее сложных разделов русской грамматики (главным образом ввиду разветвленности самой системы имен и фамилий). Этим правилам уделяют недостаточно времени в школе на уроках русского языка, хотя вопрос «Склоняется ли моя фамилия и как?» встает практически перед каждым носителем фамилии, не оканчивающейся на -ов(а) или -ин(а). Отсюда столько вопросов на эту тему (в том числе в нашем «Справочном бюро» – ежедневно) и столько ошибок. Не застрахованы от ошибок и работники официальных органов, учреждений образования и др. организаций, выдающих документы гражданам.

Тем не менее, если Вы откроете любой нормативный грамматический справочник, Вы прочитаете правило: склоняются мужские и женские фамилии, оканчивающиеся на -а, -я, которым предшествует согласный (кроме французских с ударением на последнем слоге типа Дюма, Золя). Фамилия Воевода – не исключение.

С прописной буквы рекомендуется писать прилагательные, образованные от слов Бог, Господь, напр.: благодать Божия, Господняя (Господня) воля, храм Божий, Божественная Троица, Божественная литургия (но в переносном значении — строчная буква, напр.: божественный 'восхитительный'; то же в таких устойчивых сочетаниях, как божий одуванчик, божья коровка).

Выберите нужное написание в зависимости от смысла сочетания. Ср., например: свет Божий (в религиозном значении) и свет божий (устойчивое сочетание в значении 'белый свет': Песочницу засыпало снегом, а потом еще снегоуборочная машина накатила сугроб на то место, где она стояла, так что до весны выковырять ее на свет божий не представлялось возможным. А. Сальников. Петровы в гриппе и вокруг него).

Обратите внимание, что в правиле используется слово рекомендуется. Орфографической ошибкой выбор прописной буквы вместо строчной (и наоборот) не будет.

Краткие прилагательные изменялись по падежам в древнерусском языке. Следы этого древнего склонения мы находим в сказках, былинах, пословицах: на добра коня садился; Сказка ― ложь, да в ней намек: добру молодцу урок. В современном русском языке краткие формы прилагательных не склоняются. Это языковое изменение было связано с тем, что изначально в древнерусском языке не было полных форм прилагательных, были только краткие. Появившиеся полные формы в литературном языке вытеснили краткие формы в позиции определения. Сейчас мы не скажем по чисту полю, богата человека – скажем по чистому полю, богатого человека. Краткие формы стали использоваться в составе сказуемого (например: Дом чист; Горница чиста; Человек богат) и – реже – как определения при подлежащем (Богат, хорош собою, Ленский везде был принят как жених), и поэтому все формы, кроме именительного падежа, перестали употребляться.

Такой диалог наиболее уместно оформить как фрагмент пьесы:

Маша. Я так устала сегодня!
Вика. Тебе нужно отдохнуть.

Фамилия Жабуня склоняется (если только нет достоверных данных о том, что эта фамилия французская по происхождению). Нормы русской грамматики предписывают склонять все мужские и женские фамилии, оканчивающиеся на -а, -я, которым предшествует согласный. Единственное исключение – фамилии французского происхождения с ударением на последнем слоге типа Дюма, Золя.

Отметим: фамилия склоняется потому, что таковы грамматические нормы русского языка, а вовсе не потому, что «принят новый закон о русском языке». Закон о русском языке (его официальное название – Федеральный закон Российской Федерации от 1 июня 2005 г. N 53-ФЗ «О государственном языке Российской Федерации») не устанавливает грамматические нормы (это не его задача; для этого существуют словари и грамматики), а определяет статус русского языка как государственного языка Российской Федерации, сферы его использования, меры по защите и поддержке русского языка как государственного языка РФ.

Согласно правилам русского правописания служебные слова (как русские, так и иноязычные) в середине составных названий выделяются двумя дефисами. Орфографически верно: Жа-де-Буффан. Написание без дефисов – вероятно, ошибка; не исключено, впрочем, что по-русски название изначально писалось без дефисов (например, в подписи к картине в музее), а сейчас такое написание сохраняется просто по традиции, хотя и не соответствует орфографической норме.