Корректно: Но сложно сказать, почему эпидемия закончилась, унеся всего лишь треть населения Европы, которая до этого была натуральным загнивающим Западом, заодно почистив популяцию, причём чёрного люда в первую очередь, так как его в целом было больше.  

1. Запятые нужны, так как оборот со значением включения расположен между подлежащим и сказуемым: Наше учреждение, вместе с другими аналогичными организациями, было отмечено... 2. Это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен. Приведенное предложение едва ли возможно прочитать без паузы, поэтому рекомендуем вариант с тире: В нашей рубрике «Знай наших» сегодня — начальник управления образования. 3. Ситуация аналогична предыдущей: Сегодня в нашей рубрике «Знай наших» — начальник управления образования.

Слово ведь, выполняющее здесь функцию союза, действительно можно отнести к обеим частям сложносочиненного предложения, что отменяет постановку запятой перед союзом и. Вместе с тем причинно-следственные отношения между частями позволяют отнести ведь только к первой части. Следовательно, в этом предложении будут корректны оба варианта — с запятой перед и и без нее. 

Запятую следует поставить перед союзом зато на границе частей сложносочиненного предложения.

Корректно: Принимаем только деньги. По стоимости выйдет чуть дороже, чем сами билеты: нам нужно что-то кушать, а значит, попросим плату за оформление; Если их нет, значит, билеты дешевле кончились или их вовсе не было.

Если вопрос касается пунктуации при слове значит, то отметим, что в разных справочниках это слово может иметь разную синтаксическую трактовку и, соответственно, могут даваться разные рекомендации по его пунктуационному оформлению. Подробно об этом см. в статье: Руднев Д. В., Друговейко-Должанская С. В. Союз или вводное слово? // #ТОТСБОРНИК: Сборник научных трудов по материалам Тотального диктанта. Вып. 4 / Отв. ред. Н. Б. Кошкарёва. — М., 2019. — С. 134–140.

Местоимение вы в данном случае следовало бы написать со строчной буквы.

Замена формы винительного падежа на форму родительного падежа связана с отрицанием (выраженным словом нельзя), которое есть во втором предложении. Подробно об этом можно прочесть 1" target=blank>здесь.

В «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова 2002 года в слове последний выделяется корень последн-. Автор не выделяет корень -след-, так как между словами последний и след нет ни словообразовательных отношений (на современном этапе развития русского языка), ни прямой смысловой связи. Можно обнаружить лишь очень отделенную ассоциативную связь, глубоко историческую. Обратите внимание, в «Школьном этимологическом словаре русского языка» Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой указано, что прилагательное последний, заимствованное из старославянского языка, восходит не к слову след, а к послѣдъ «потом, впоследствии» и последний буквально означает «следующий потом, после (чего-л. или кого-л.)». 

1. Вот что написано о словах с суффиксом -ниц(а) в академической «Русской грамматике» 1980 года: Существительные с суф. -ниц(а)... мотивируются названиями лица на -тель (преимущественно с суф. -тель): свидетельница, председательница, изобретательница, учительница, исполнительница, слушательница, обладательница, первооткрывательница. Все слова этого типа имеют модификационное знач. лица женского пола.

Таким образом, с помощью суффикса -ниц(а) может быть образовано одушевленное существительное, обозначающее лицо женского пола. О команде правильно: команда-победитель.

2. Слово спам не является аббревиатурой и пишется строчными буквами. В английском языке, из которого к нам пришло это слово, оно, действительно, первоначально было образовано как аббревиатура от SPiced hAM ('острая ветчина'). Однако уже в английском языке  это слово со временем перестало восприниматься как аббревиатура,  в результате чего применительно к назойливой рекламе закрепилось написание строчными буквами.

Так в чем вопрос-то? Форма мн. ч. используется, но при употреблении таких слов во мн. ч. меняется (или модифицируется) значение слова. Об этом и говорится в учебнике.