пОд ноги и под нОги

Слово нога в сочетании с определёнными предлогами может произноситься двояко: с ударением на предлоге в соответствии со старшей нормой и с ударением на существительном в соответствии с младшей нормой: зА ноги и за нОги, нА ногу и на нОгу, пОд ноги и под нОги.

В тех случаях, когда в качестве приложения выступает собственное имя лица, возможна двоякая пунктуация, в зависимости от наличия или отсутствия пояснительного оттенка значения и соответствующей интонации при чтении. В приведенном Вами примере выделение приложения запятыми не требуется: на период отсутствия управляющего директора Иванова Ивана Ивановича в связи с очередным отпуском...

Нет, т. к. за словом комиссар закреплены определенные значения: 1) в СССР – должностное руководящее лицо с общественно-политическими или административными обязанностями; 2) в некоторых европейских странах и в России XVIII–XIX вв. – чиновник, выполняющий полицейские функции; 3) во время Французской революции – уполномоченный Конвента, направляемый с отдельными поручениями в разные департаменты, войска.

Постановка тире между подлежащим и сказуемым не зависит от того, сложное это предложение или простое.

В приведенном примере тире перед это нужно. Обратите внимание, что приведенное предложение простое (у него одна грамматическая основа).

Второй вопрос не вполне ясен. Возможно, будет понятнее, если Вы приведете пример.

Это вполне закономерная форма. См., например: Жизненная мудрость состоит в том, чтобы обедать куском черного хлеба и есть его с наслаждением [А. А. Фет. Мои воспоминания / Часть I (1862-1889)]; Когда они вошли, девочка в одной рубашечке сидела в креслице у стола и обедала бульоном [Л. Н. Толстой. Анна Каренина (1878)] и т. п. 

Слова, которые образуются от заимствований при помощи русских аффиксов, считаются исконно русскими. К таким словам относится слово форточка, образованное от утраченного польского заимствования фортка (fórtka — «дверка») при помощи уменьшительно-ласкательного суффикса. При синхроническом словообразовательном анализе слово форточка рассматривается как непроизводное. При собственно морфемном анализе в слове выделяется суффикс -очк-.

Предложенный Вами вариант вполне возможен, даже предпочтителен, чтобы не перегружать текст кавычками. Пунктуация верна.

Нам представляется, что никакого искажения смысла не произойдет даже в том случае, если читатель отнесет местоимение им к существительному глаза, а не к существительному мухи.