Союз как здесь имеет значение 'в качестве', запятая перед ним не нужна (см. пункт б) параграфа 90 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).

Слово тогда, наряду с то и так, может выступать коррелятом условных союзов типа если (см. § 3002 и § 3011 «Русской грамматики» 1980 г.). Соответственно, пунктуация при двойном союзе если... тогда такая же, как при двойном союзе если... то...

Корректны варианты:
Возникает вопрос: в чём разница между программами?
Возникает вопрос, в чём разница между программами.

Здесь также не нужна запятая. Наличие обстоятельства в (этом) городе не влияет на пуктуационное оформление таких предложений.

Запятая перед что к чему нужна, так как это придаточная часть сложноподчиненного предложения. Она представляет собой неполное предложение. См. пункт 2 параграфа 33.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Такого рода разъясняющие слова заключаются в кавычки. Тире перед ними ставить не нужно (см. пункт 7 параграфа 58.1 справочника Д. Э. Розенталя по пунктуации): Моё имя означает «жизнь».

Если подлежащее выражено указательным местоимением это, тире между ним и именным сказуемым не ставится: Ну, для меня это обычное явление. Исключение составляют случаи, когда контекст диктует интонационное подчеркивание и подлежащего, и сказуемого, например: Ну, для меня это — обычное явление, а всё другое — необычное. См. пункт 1 параграфа 15 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Тире нужно. Это тире между подлежащим и именным сказуемым на месте отсутствующей связки: Искренний человек — тот, кто показывает свой внутренний мир.

Запятая перед союзом и должна быть поставлена. Это сложносочиненное предложение с двумя грамматическими основами: Екатерина провела (переговоры) и решение было принято. Эти грамматические основы не объединяет какое-либо обстоятельство, частица, придаточная часть и т. д. Полный список объединяющих факторов см. во второй части параграфа 112 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). 

Обосновать, почему в том или ином месте знак ставить не надо, труднее, чем объяснить, почему необходимый знак отсутствует: в правилах пунктуации в основном представлены случаи, в которых надо ставить тот или иной знак препинания, и гораздо меньше внимания уделяется ситуациям, когда никакой знак не ставится. При ответе на вопросы о конкретных предложениях часто приходится ограничиваться замечанием, что для постановки знака (знаков) нет оснований. Приведенное Вами предложение именно такое.

Впрочем, в этом предложении допустимы знаки препинания, выделяющие обстоятельство в темноте, которое можно логически осмыслить как уточнение к обстоятельству во время ненастья: Жутко оказаться в лесу во время ненастья, в темноте, рядом с диким зверьем.