Слова прежде всего выделяются в значении 'во-первых, главное' и не выделяются в значении 'сперва, вначале, в первую очередь' (см. в «Справочнике по пунктуации»). Здесь логичнее не ставить запятые («в первую очередь он приобретает знания»). Но окончательное решение принимает автор текста.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Мы тоже такого правила не обнаружили. Запятая после видимо нужна.

Слово невозможно следует писать слитно: Но в Вашем случае это невозможно, к сожалению.

Запятой отделяется придаточное предложение от главного (что употребляется здесь в значении «которая»).

К сожалению, такого раздела у нас нет. Но такие предлоги с детальными указаниями Вы найдете в "Кратком словаре трудностей русского языка" Н. А. Еськовой (М., 2008).

Запятая не нужна, действительно.

Амбидекстр – человек, который одинаково хорошо владеет и правой, и левой рукой (т. е. не является ни правшой, ни левшой). О лигандах см. здесь.