Знаки препинания поставлены правильно.
Корректно с тире: Главное — наличие чина, а каким образом его получить — не имеет значения.
Причастный оборот и придаточная часть соотнесены со словом кустарник. При устранении сочетания или крупный кустарник предложение станет грамматически аномальным: *Боярышник — это небольшое деревце, часто встречающийся в садах...
Слово спасибо квалифицируется как этикетное междометие (это наиболее убедительная интерпретация). Междометие не является ни знаменательным, ни даже служебным словом — следовательно, не может быть членом предложения и не может присоединять придаточное предложение.
Однако «чистым» междометием оно является только в изолированном употреблении. Между тем спасибо очень часто употребляется в составе предложений с явно выраженными членами, например: Спасибо вам большое! В таком предложении второстепенные члены очевидным образом подчинены слову спасибо: спасибо (кому?) вам; спасибо (какое?) большое. Это может быть объяснено только тем, что междометие функционирует как существительное: способность присоединять определение свойственна существительному, способность управлять дополнением также присуща отглагольным существительным. Другими словами, в таких случаях междометие превращается в эквивалент существительного (например, такого, как благодарность).
Аналогичная картина и в вашем примере: спасибо, которому подчинено изъяснительное придаточное, эквивалентно глаголу (Благодарю, что помог мне). Но сказуемым, строго говоря, его называть не стоит. Лучше говорить об эквиваленте сказуемого, еще лучше — об эквиваленте главного члена односоставного предложения. Дальнейшей характеристике такое односоставное предложение не подлежит.
Ни в школьном, ни в университетском курсе русского языка подобные предложения не изучаются (исключением могут быть только университетские спецкурсы). В науке они почти не описаны.
Запятая ставится перед определением, находящимся в позиции после определяемого слова: Не остались без внимания тонкости дипломатического протокола и документы, его регламентирующие.
Запятая ставится перед сравнительным оборотом.
Корректно: Нам нужно понять не только зачем мы это делаем, но и каким образом.
Акцентные варианты эпони́м и эпо́ним можно рассматривать как равноправные. Слово это исключительно книжное, поэтому невозможно пронаблюдать, с каким ударением его чаще употребляют. В словаре М. А. Штудинера приведен только вариант эпони́м, потому что так дано в «Толковом словаре иноязычных слов» Л. П. Крысина (1998) и в академическом «Русском орфографическом словаре» под редакцией В. В. Лопатина (1999).
Корректно: чтобы узнать, каким будет эффект.
Слово оригинал — заимствование из французского, пришло в русский язык в начале XVIII в. (фр. original). Изначально слово имело только одно значение: ‘подлинное произведение, в отличие от копии, подделки или перевода’.
